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- PDB-3eot: Crystal structure of LAC031, an engineered anti-VLA1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eot
タイトルCrystal structure of LAC031, an engineered anti-VLA1 Fab
要素
  • FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
  • FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / VLA-1 / domain swap / proten engineering
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, P.A. / Clark, L.A.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2009
タイトル: An antibody loop replacement design feasibility study and a loop-swapped dimer structure.
著者: Clark, L.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Day, E. / Eldredge, J. / Fitch, C. / Jarpe, M. / Miller, S. / Li, Y. / Simon, K. / van Vlijmen, H.W.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
L: FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7392
ポリマ－47,7392
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.163, 132.425, 41.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN


分子量: 24224.074 Da / 分子数: 1 / 変異: W92I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN


分子量: 23514.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16-20% Peg 3350, 100 mM Na Cacodylate, 200 mM MgCl2 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 36217 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.169 / Net I/σ(I): 35.365
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.975.80.21828990.52979
1.97-2.056.10.17133300.56989.9
2.05-2.146.50.15435090.59294.7
2.14-2.256.70.13736860.62599.3
2.25-2.397.10.12237100.687100
2.39-2.587.20.10137460.833100
2.58-2.847.10.08537431.239100
2.84-3.2570.06537791.707100
3.25-4.096.80.04938202.1100
4.09-506.90.04139952.26999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.9→35 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.792 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1780 4.8 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 35959 96.5 %-
all-37281 --
原子変位パラメータBiso max: 66.08 Å2 / Biso mean: 34.008 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.108 Å20 Å20 Å2
2--12.76 Å20 Å2
3----15.869 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 0 0 204 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1112
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2MSI_CNX_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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