PDB-3enp: Crystal structure of human cgi121

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3enp

タイトル

Crystal structure of human cgi121

要素

TP53RK-binding protein

キーワード

HYDROLASE / KEOPS complex telomere kinase regulator / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Neculai, D. / Mao, D.Y. / Sicheri, F.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Atomic structure of the KEOPS complex: an ancient protein kinase-containing molecular machine.
著者: Mao, D.Y. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / ...

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3enp.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3enp.ent.gz	60.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3enp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3enp_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3enp_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	3enp_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	3enp_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2k8yC 3en9C 3encC 3enhC 3enoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o8t-2 5w10-1 2p9y-d 2enw-d 6awx-d 3c2f-d 2p79-d 4b60-2 3qhe-2 6hb3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TP53RK-binding protein

B: TP53RK-binding protein

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

2

A: TP53RK-binding protein

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: TP53RK-binding protein

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.521, 93.521, 87.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: タンパク質	TP53RK-binding protein / PRPK-binding protein 分子量: 20046.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-121, My019, TPRKB / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9Y3C4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 1500, 0.2 M CaOAc, 0.1 M imidazole, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→31.88 Å / Num. all: 13866 / Num. obs: 13866 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.62 % / R_merge(I) obs: 0.0494 / Net I/σ(I): 15.01
反射シェル	解像度: 2.48→2.58 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.4.0066	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.48→30.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 25.581 / SU ML: 0.258 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.434 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25741	779	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21096	-	-	-
obs	0.21336	14618	99.84 %	-
all	-	13866	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.801 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.71 Å²	0.85 Å²	0 Å²
2-	-	1.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→30.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	0	18	2654

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.993	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.965	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.232	26.214	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.696	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.56	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.625	1.5	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.084	2	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.882	3	955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.989	4.5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	70	-
R_work	0.354	1039	-
obs	-	-	99.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9675	-0.7866	2.2829	5.1953	0.8621	5.7354	0.2335	0.3942	-0.3573	-0.6942	-0.2164	0.6702	0.2435	-0.2917	-0.0172	0.0138	0.002	-0.1006	-0.092	-0.0314	0.1415	18.597	24.816	39.727
2	3.4258	0.0292	1.8502	2.3117	0.337	4.6902	0.0883	-0.3255	-0.2829	0.3422	0.0004	0.2177	0.6269	-0.0022	-0.0887	-0.0232	0.0116	0.0948	-0.1235	0.0797	-0.1013	36.272	22.121	69.507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 175

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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