PDB-3ekt: Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ekt

タイトル

Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10F/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation.)

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / HIV-1 / protease / multi-drug resistance / Darunavir / AIDS

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Prabu-Jeyabalan, M. / King, N.M. / Bandaranayake, R.M.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
著者: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2008年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Data collection / Database references
改定 1.3	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ekt_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	3ekt_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ekpC 3ekqC 3ekvC 3ekwC 3ekxC 3ekyC 3el0C 3el1C 3el4C 3el5C 3el9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oxu-d 2nxl-d 3em3-d 6pjc-1 3oxx-2 3sa4-d 2i0d-d 4q1x-d 6oxw-d 4dqc-d 3oxw-1 4dqb-d 2zga-1 4f75-d 6oxy-d 6oxs-d 6pjo-d 4epj-d 2fgu-d 3tlh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

C: Protease

D: Protease

ヘテロ分子

45.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protease

D: Protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.013, 92.013, 106.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.788 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 133 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→40 Å / Num. all: 34578 / Num. obs: 34578 / % possible obs: 95.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.766 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.258	1713	5 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.211	34447	95.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.77 Å² / B_iso mean: 13.827 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2948	0	133	321	3402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.12	2.028	4521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.06	3	7350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.761	25	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.938	15	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.716	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.3	549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.3	3229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.5	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.182	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.3	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.3	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.255	0.5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.897	1.5	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.116	1.5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.987	2	3363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.711	3	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.424	4.5	1158

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	151	-
R_work	0.215	2400	-
all	-	2551	-
obs	-	-	97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.894	-0.1932	3.9775	1.1871	1.2997	7.5532	0.1706	0.1286	-0.1412	0.0485	0.0075	-0.0301	0.2229	0.1672	-0.1781	-0.0731	0.0054	-0.007	-0.0575	0.0027	-0.0631	22.8694	-35.4216	35.5564
2	2.0225	0.6736	4.2433	4.0364	1.6759	9.2872	0.1575	-0.0708	-0.155	0.1583	0.0531	-0.1173	0.3083	0.0062	-0.2106	-0.0588	-0.0026	-0.0022	-0.1023	-0.0034	-0.0709	19.2128	-37.5259	35.2454
3	16.7012	5.7972	-3.3347	2.5708	-1.1773	1.4571	0.1368	0.2997	0.1755	0.0949	-0.0373	0.189	0.0031	-0.0039	-0.0994	-0.0915	-0.0276	-0.0033	-0.0007	0.0152	-0.0691	16.5673	-26.1069	30.8624
4	12.268	10.3004	-2.5284	9.523	-2.3224	0.5666	0.1993	0.0367	0.3252	0.262	-0.2245	0.1219	-0.0944	-0.0717	0.0252	-0.0279	-0.0484	0.0172	-0.0592	-0.007	-0.0517	14.3363	-27.3798	39.9495
5	4.6007	-4.0438	0.8516	3.5622	-0.3538	20.0632	0.1281	0.3753	0.0527	0.087	-0.1807	-0.1141	-0.3508	-0.3589	0.0525	-0.1461	-0.0037	-0.0422	0.0226	-0.0152	-0.0228	6.0024	-16.4562	27.0424
6	0.5979	-1.6436	0.0209	4.6352	1.5776	22.7731	0.0665	0.0664	0.0551	0.2829	-0.0149	0.1955	-0.5157	-0.2968	-0.0516	-0.0017	-0.0757	-0.0401	-0.1132	-0.0249	-0.0456	11.0356	-13.3762	43.4069
7	21.6544	-9.4193	9.2049	9.0381	-10.0346	15.4791	0.4604	0.1458	-0.3804	-0.0836	-0.0426	0.0857	0.2072	-0.7042	-0.4177	-0.0793	-0.0929	0.0121	-0.0443	-0.0315	-0.1399	19.4115	-26.4177	16.8184
8	6.3529	0.1302	-3.3685	17.5799	5.6203	8.4803	0.0854	-0.0503	-0.2022	0.374	-0.0027	-0.2024	-0.4952	0.3885	-0.0826	-0.1437	-0.0484	-0.0199	-0.0038	0.0303	-0.1453	13.1811	-29.9872	53.9893
9	14.5014	-6.8619	4.9616	9.4153	-4.2579	11.0026	-0.4153	0.8981	-0.4274	-0.3497	0.0789	-0.1528	0.8353	0.0943	0.3364	-0.0144	-0.0936	0.071	-0.1116	-0.0215	-0.0259	23.0795	-31.8772	17.3412
10	5.8397	4.5125	1.536	9.2049	2.7296	8.6387	0.3144	-0.8123	-0.2793	0.1465	-0.8145	-0.3837	0.2227	0.3027	0.5001	-0.1708	-0.0238	-0.0028	0.0264	0.1093	0.0062	16.0479	-35.8938	53.4542
11	8.1682	-1.601	-0.6872	2.0504	-1.3548	1.8404	0.1271	0.0881	0.9312	0.103	-0.1864	-0.4485	-0.1313	-0.3731	0.0593	-0.1008	-0.013	0.0089	-0.0311	0.08	0.0089	15.2999	-19.0364	25.4039
12	5.4454	0.3186	-0.4188	7.3944	-0.7955	1.2452	-0.0055	0.2137	0.1897	0.243	0.0179	0.8797	-0.3163	0.106	-0.0124	-0.074	-0.0376	0.0786	-0.0909	-0.0264	-0.0034	8.8339	-22.7737	45.3862
13	5.3457	-5.0818	-2.2536	4.8874	2.6723	5.9269	0.102	0.3958	-0.0988	-0.1745	-0.023	-0.0761	-0.0323	-0.0463	-0.079	-0.0273	-0.0481	-0.0123	-0.0245	0.0211	-0.0152	15.9039	-31.9933	25.3158
14	0.948	-2.2403	2.4051	8.8238	-3.8625	7.041	0.0567	-0.0212	-0.1468	0.3295	0.0389	-0.2848	0.0104	0.0192	-0.0957	-0.0902	-0.0216	0.0165	0.0278	-0.0075	-0.0212	19.759	-29.7864	45.5326
15	2.2144	3.8964	-0.4326	12.4958	-5.1974	3.574	0.0424	-0.0587	0.3264	-0.2012	-0.0256	0.4193	-0.2065	-0.381	-0.0167	-0.1269	0.0199	-0.0173	0.0045	-0.0019	0.015	3.1322	49.4202	-10.1434
16	9.5641	8.1082	-4.2449	9.3961	-1.7579	3.2275	0.0583	-0.3386	0.205	0.0438	-0.1889	0.4598	-0.335	-0.3174	0.1306	-0.062	0.0711	-0.011	-0.08	0.0035	0.0258	4.7577	52.2701	-7.5197
17	4.5222	1.3354	2.6369	3.7007	5.6264	8.6453	0.129	0.1013	-0.2272	0.0709	0.0868	-0.2043	-0.0994	-0.0218	-0.2158	-0.0206	0.0142	-0.0028	0.0007	0.0193	-0.035	15.0839	47.4723	-12.6988
18	1.8829	-0.0888	2.8731	1.9537	1.9152	6.541	0.0627	0.0903	-0.0819	-0.0863	-0.0106	-0.2635	-0.1009	-0.177	-0.052	-0.0285	0.0137	0.0027	-0.0246	0.0152	-0.0137	12.4394	42.9146	-4.9603
19	3.0548	2.765	-5.484	4.4081	-8.4082	16.0718	-0.3977	-0.2798	-0.1082	-0.252	-0.0187	-0.4339	0.0105	0.4647	0.4164	-0.1055	0.0975	-0.0284	0.0077	-0.0696	-0.0029	29.6224	45.4591	-11.525
20	1.6126	1.9598	-4.5528	8.0992	-10.0334	16.3964	0.0734	0.0701	-0.3206	0.044	-0.4935	-0.4021	0.3614	0.1446	0.4201	-0.1102	0.0944	-0.0602	0.0014	-0.061	-0.0158	21.6173	30.959	-5.9849
21	31.312	13.8333	4.013	10.5642	4.9352	7.9667	-0.5798	0.4293	0.157	-0.2619	0.2295	0.0413	-0.9905	0.0022	0.3502	0.0554	0.0414	0.0775	-0.1882	0.0031	-0.1236	18.3134	56.4986	-23.3073
22	4.0843	-6.5127	0.7381	45.6303	6.7069	8.4521	0.0771	-0.0956	-0.1358	0.6723	-0.4488	0.0854	0.5678	-0.8575	0.3717	-0.1512	-0.083	-0.0551	-0.0098	0.0604	-0.1357	6.2438	35.5882	5.6682
23	42.9045	24.5183	9.6969	20.4726	-1.8346	10.6119	-0.7322	-0.06	-0.0811	-0.7696	0.8208	0.1837	-0.9736	-0.1301	-0.0887	0.114	0.1427	-0.0039	-0.1331	-0.0533	-0.0876	12.0529	58.453	-22.8263
24	8.4342	-5.2094	-6.1668	91.259	1.1815	4.5873	0.4802	-0.1646	-0.2056	1.499	-0.308	1.1308	0.4285	-0.6834	-0.1722	-0.1556	-0.0696	-0.0619	0.1766	-0.0275	-0.0748	1.142	40.0781	5.8561
25	2.6286	0.9588	-0.0429	4.2673	2.0101	1.0482	0.124	-0.0348	0.0971	0.0027	-0.0418	-0.0654	0.1332	0.2402	-0.0822	-0.0239	-0.0008	-0.003	-0.057	-0.032	-0.0526	22.2919	46.3358	-17.935
26	3.791	0.4438	2.6489	2.9806	1.3818	2.243	0.0644	0.1752	-0.0072	-0.2165	0.0446	0.065	0.2643	0.1775	-0.1089	-0.02	-0.0131	-0.0148	-0.0321	-0.0151	-0.064	17.0223	37.2228	0.2661
27	2.2881	-3.0452	1.3243	6.261	-0.1528	1.9401	0.374	0.1395	0.2691	-0.3803	-0.0677	-0.0258	-0.2154	-0.0144	-0.3063	0.0385	-0.0034	0.013	-0.0798	0.0098	-0.0187	14.2386	55.2591	-13.8044
28	9.4184	1.6085	0.544	0.2881	0.0291	0.336	0.1301	-0.5688	-0.3268	0.0623	0.1798	0.1932	0.2259	-0.0316	-0.3099	-0.0189	-0.0351	0.0032	-0.0158	0.0072	-0.0274	5.2802	39.7089	-3.8502
29	17.7671	-3.5348	7.968	15.6111	3.0937	33.4429	-0.2365	-0.4319	-0.2636	-0.573	0.4824	-0.0076	-0.9269	-0.4616	-0.2459	-0.0153	0.0098	-0.0053	-0.0906	0.0045	0.0074	12.2388	-21.132	35.4023
30	22.879	13.541	0.4584	41.2483	6.4752	1.1673	-0.1825	1.0355	0.22	0.9296	0.5965	0.7825	0.0651	0.8535	-0.414	0.0367	0.037	-0.0218	0.2042	0.0582	-0.0174	18.9619	41.3557	-9.2086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	22 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	22 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	44 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	44 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	60 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	68 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	68 - 72
13	X-RAY DIFFRACTION	11	A	74 - 85
14	X-RAY DIFFRACTION	12	B	74 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
16	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
17	X-RAY DIFFRACTION	15	C	1 - 5
18	X-RAY DIFFRACTION	15	C	94 - 99
19	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 5
20	X-RAY DIFFRACTION	16	D	94 - 99
21	X-RAY DIFFRACTION	17	C	22 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	18	D	22 - 30
23	X-RAY DIFFRACTION	19	C	44 - 57
24	X-RAY DIFFRACTION	20	D	44 - 57
25	X-RAY DIFFRACTION	21	C	60 - 66
26	X-RAY DIFFRACTION	22	D	60 - 66
27	X-RAY DIFFRACTION	23	C	68 - 72
28	X-RAY DIFFRACTION	24	D	68 - 72
29	X-RAY DIFFRACTION	25	C	74 - 85
30	X-RAY DIFFRACTION	26	D	74 - 85
31	X-RAY DIFFRACTION	27	C	86 - 93
32	X-RAY DIFFRACTION	28	D	86 - 93
33	X-RAY DIFFRACTION	29	D - P	200
34	X-RAY DIFFRACTION	30	Q	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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