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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3efd | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the cytoplasmic domain of KcsA | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Helix bundle / C-terminus | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, V. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of full-length KcsA in its closed conformation. 著者: Uysal, S. / Vasquez, V. / Tereshko, V. / Esaki, K. / Fellouse, F.A. / Sidhu, S.S. / Koide, S. / Perozo, E. / Kossiakoff, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 22960.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23708.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3631.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG2000 and 20 mM Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 15270 / Num. obs: 13735 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.799 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.605→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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