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万見
- PDB-3eac: Crystal structure of SH2 domain of Human Csk (carboxyl-terminal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eac
タイトルCrystal structure of SH2 domain of Human Csk (carboxyl-terminal src kinase), Oxidized form.
要素Tyrosine-protein kinase CSK
キーワードTRANSFERASE / SH2 / CSK / DISULFIDE / OXIDIZED / Reduced / ATP-binding / Cell membrane / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / proline-rich region binding / adherens junction organization / negative regulation of bone resorption / negative regulation of phagocytosis / cellular response to peptide hormone stimulus / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / oligodendrocyte differentiation ...negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / proline-rich region binding / adherens junction organization / negative regulation of bone resorption / negative regulation of phagocytosis / cellular response to peptide hormone stimulus / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / oligodendrocyte differentiation / protein kinase A catalytic subunit binding / negative regulation of interleukin-6 production / RHOH GTPase cycle / PD-1 signaling / GAB1 signalosome / Negative regulation of FLT3 / T cell costimulation / Integrin signaling / protein tyrosine kinase binding / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CSK-like, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily ...CSK-like, SH2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase CSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Liu, D. / Seidel, R.D. / Cowburn, D.
引用ジャーナル: Biophys Rep / 年: 2016
タイトル: Combining biophysical methods to analyze the disulfide bond in SH2 domain of C-terminal Src kinase.
著者: Liu, D. / Cowburn, D.
履歴
登録2008年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年12月10日Group: Version format compliance
改定 1.32016年7月20日Group: Database references
改定 1.42016年12月14日Group: Database references
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase CSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1631
ポリマ－12,1631
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.114, 48.025, 49.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase CSK / C-SRC kinase / Protein-tyrosine kinase CYL


分子量: 12162.913 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 Domain (UNP residues 73 to 178) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21(DE3) / 遺伝子: CSK / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P41240, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.3
詳細: 22% PEG 4000, 100 mM Bis-Tris, pH 7.3., EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 22360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 10.284 Å2
反射 シェル最高解像度: 1.37 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K9A, sh2 part

1k9a


解像度: 1.37→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.053 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21686 987 5.1 %RANDOM
Rwork0.20893 ---
all0.20934 18349 --
obs0.20934 18298 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数819 0 0 106 925
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.405 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 72 -
Rwork0.297 1333 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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