[日本語] English
万見
- PDB-6hks: Crystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HPV16 E6 o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hks
タイトルCrystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HPV16 E6 oncoprotein C-terminal peptide
要素
  • Protein E6
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
キーワードHYDROLASE / PDZ domain Protein tyrosine phosphatase Human papillomavirus E6 oncoprotein PDZ binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane depolarization during action potential / symbiont-mediated suppression of host transcription / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of proteolysis / sodium channel regulator activity ...regulation of membrane depolarization during action potential / symbiont-mediated suppression of host transcription / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of mitotic cell cycle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of proteolysis / sodium channel regulator activity / cytoskeletal protein binding / phosphotyrosine residue binding / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / PDZ domain binding / EGFR downregulation / cytoplasmic side of plasma membrane / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK cascade / ATPase binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / cytoskeleton / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-templated transcription / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / PDZ domain / FERM central domain / Pdz3 Domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Ubiquitin-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Protein E6 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19441072073 Å
データ登録者Genera, M. / Haouz, A. / Caillet-Saguy, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of the PDZ domain of the human phosphatase PTPN3 and its interaction with the human papillomavirus E6 oncoprotein.
著者: Genera, M. / Samson, D. / Raynal, B. / Haouz, A. / Baron, B. / Simenel, C. / Guerois, R. / Wolff, N. / Caillet-Saguy, C.
履歴
登録2018年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
E: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
F: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
G: Protein E6
H: Protein E6
I: Protein E6
J: Protein E6
K: Protein E6
L: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,37818
ポリマ－84,61712
非ポリマー7616
水4,197233
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
G: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2303
ポリマ－14,1032
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5980 Å2
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
H: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2303
ポリマ－14,1032
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
3
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
I: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2303
ポリマ－14,1032
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5700 Å2
手法PISA
4
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
J: Protein E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1032
ポリマ－14,1032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5960 Å2
手法PISA
5
E: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
K: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2303
ポリマ－14,1032
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
6
F: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3
L: Protein E6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3574
ポリマ－14,1032
非ポリマー2542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.620, 77.430, 130.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 3 / Protein-tyrosine phosphatase H1 / PTP-H1


分子量: 12709.242 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN3, PTPH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P26045, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
Protein E6


分子量: 1393.554 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
遺伝子: E6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P03126
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350 0.2 mM KI pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978549599648 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978549599648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.62 Å / Num. obs: 47024 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 47.643622563 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.17
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EZ0

5ez0


解像度: 2.19441072073→43.3432039427 Å / SU ML: 0.386490308239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36457088824 / 位相誤差: 32.2236856577
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246797249095 2345 5.00330708997 %
Rwork0.194138416618 --
obs0.196735201568 46869 98.7173006445 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.9100392383 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19441072073→43.3432039427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4746 0 6 233 4985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007549219614874813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9375071099576483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571069356299740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531482508244863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.168715169573207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1944-2.23920.4362319896051210.4131138167062305X-RAY DIFFRACTION88.2823871907
2.2392-2.28790.3682258408041380.3752597386272622X-RAY DIFFRACTION99.7470184315
2.2879-2.34110.3859783254511380.3503899337522626X-RAY DIFFRACTION98.2580874511
2.3411-2.39960.3930931980031370.3116540438822585X-RAY DIFFRACTION99.6704503845
2.3996-2.46450.3219491508721380.3062882963822638X-RAY DIFFRACTION98.7548914977
2.4645-2.5370.3680301134041370.2813645469832606X-RAY DIFFRACTION99.7817388141
2.537-2.61890.2783803941081400.235399825662644X-RAY DIFFRACTION98.7584249734
2.6189-2.71250.2733238173421380.2295394463432612X-RAY DIFFRACTION99.8185117967
2.7125-2.82110.2881201221551390.225761992052643X-RAY DIFFRACTION99.1093694336
2.8211-2.94950.2573881513171380.2191569386232613X-RAY DIFFRACTION99.2066354129
2.9495-3.10490.3047541044511410.2185005626322680X-RAY DIFFRACTION99.6819787986
3.1049-3.29940.2966251745291380.2025488047572610X-RAY DIFFRACTION99.5652173913
3.2994-3.5540.2555511866921400.1876107421262648X-RAY DIFFRACTION99.6782266714
3.554-3.91150.2151180476151400.159281838132670X-RAY DIFFRACTION99.7161107168
3.9115-4.4770.1983003117851390.1429533817922647X-RAY DIFFRACTION99.8566308244
4.477-5.63850.1690850692981410.1367524234612673X-RAY DIFFRACTION99.7165131113
5.6385-43.35160.2021378464731420.166695060392702X-RAY DIFFRACTION98.5446985447
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.439637573517 Å / Origin y: 41.323561443 Å / Origin z: 32.3646606666 Å
111213212223313233
T0.347321006402 Å20.00495558438158 Å20.007804100398 Å2-0.319123002595 Å2-0.00615151381584 Å2--0.441373160619 Å2
L0.572930671347 °20.0463971242377 °20.173975497222 °2-0.0564162221765 °20.0452452188037 °2--0.376760985189 °2
S0.00905199564195 Å °-0.0130681133317 Å °0.0145353863225 Å °-0.00171004685407 Å °0.0201275320829 Å °-0.0143708510004 Å °-0.0105256241143 Å °0.0185141793415 Å °-0.027999439771 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る