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- PDB-1jru: NMR STRUCTURE OF THE UBX DOMAIN FROM P47 (ENERGY MINIMISED AVERAGE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jru
タイトルNMR STRUCTURE OF THE UBX DOMAIN FROM P47 (ENERGY MINIMISED AVERAGE)
要素p47 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / UBIQUITIN SUPERFOLD / UBX / UNUSUAL N-TERMINAL FEATURE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein localization to centrosome / RHOH GTPase cycle / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / Golgi stack / spindle pole centrosome / VCP-NSFL1C complex / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / autophagosome assembly ...negative regulation of protein localization to centrosome / RHOH GTPase cycle / positive regulation of mitotic centrosome separation / nuclear membrane reassembly / Golgi stack / spindle pole centrosome / VCP-NSFL1C complex / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / autophagosome assembly / ubiquitin binding / chromosome / ATPase binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / membrane fusion / lipid binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain ...SEP domain / NSFL1 cofactor p47, SEP domain superfamily / SEP domain / SEP domain profile. / Domain present in Saccharomyces cerevisiae Shp1, Drosophila melanogaster eyes closed gene (eyc), and vertebrate p47. / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / UBA-like domain / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NSFL1 cofactor p47
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Yuan, X.M. / Shaw, A. / Zhang, X.D. / Kondo, H. / Lally, J. / Freemont, P.S. / Matthews, S.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution structure and interaction surface of the C-terminal domain from p47: a major p97-cofactor involved in SNARE disassembly.
著者: Yuan, X. / Shaw, A. / Zhang, X. / Kondo, H. / Lally, J. / Freemont, P.S. / Matthews, S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: p47 is a cofactor for p97-mediated membrane fusion
著者: Kondo, H. / Rabouille, C. / Newman, R. / Levine, T.P. / Pappin, D. / Freemont, P.S. / Warren, G.
履歴
登録2001年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p47 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9011
ポリマ－9,9011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 p47 protein / XY40 protein


分子量: 9901.343 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 282-370) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PPRO-EX HTB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O35987

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HN(CA)CB
141CBCA(CO)NH
151HBHA(CBCACO)NH
1613D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

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試料調製

詳細内容: 1mM 13C, 15N-labelled p47 C-terminal domain sample in 20 mM NaAc, pH5.2
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5.2 / 圧: 1 atm / 温度: 302 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AURELIA2.1.5Brukerデータ解析
NMRPipeDelaglio解析
XwinNMRBrukercollection
NMRView3.1.1Johnsonデータ解析
X-PLOR3.853Brunger構造決定
X-PLOR3.853Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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