[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5oh4: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5oh4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Piperidine-2,6-dione (Glutarimide) | ||||||
![]() | Cereblon isoform 4 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Teratogenicity / Protein degradation / Substrate recognition / Ubiquitin ligase | ||||||
Function / homology | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / piperidine-2,6-dione / Cereblon isoform 4![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boichenko, I. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Chemical Ligand Space of Cereblon. Authors: Boichenko, I. / Bar, K. / Deiss, S. / Heim, C. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 138.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 107.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5oh1C ![]() 5oh2C ![]() 5oh3C ![]() 5oh7C ![]() 5oh8C ![]() 5oh9C ![]() 5ohaC ![]() 5ohbC ![]() 4v2yS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 13703.577 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: MGR_0879 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 30 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 15 %(W/V) PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 9, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→37.1 Å / Num. obs: 13628 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 2.55 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.64 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Redundancy: 2.52 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 2102 / CC1/2: 0.86 / % possible all: 94 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4V2Y Resolution: 2.3→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 16.663 / SU ML: 0.191 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.416 / ESU R Free: 0.259 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.714 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.3→37.1 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|