[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5amk: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5amk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in multiple conformations, hexagonal crystal form | ||||||
Components | CEREBLON ISOFORM 4 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / TERATOGENICITY / AROMATIC CAGE | ||||||
Function / homology | Peptide methionine sulfoxide reductase. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Beta Complex / Mainly Beta / metal ion binding / S-Thalidomide / Cereblon isoform 4 Function and homology information | ||||||
Biological species | MAGNETOSPIRILLUM GRYPHISWALDENSE (magnetotactic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Hartmann, M.D. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural Dynamics of the Cereblon Ligand Binding Domain. Authors: Hartmann, M.D. / Boichenko, I. / Coles, M. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5amk.cif.gz | 184.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5amk.ent.gz | 149.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5amk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5amk_validation.pdf.gz | 1009.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5amk_full_validation.pdf.gz | 1017 KB | Display | |
Data in XML | 5amk_validation.xml.gz | 16.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5amk_validation.cif.gz | 23.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/5amk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/5amk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5amhC 5amiC 5amjC 4v2yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13703.577 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MAGNETOSPIRILLUM GRYPHISWALDENSE (magnetotactic) Strain: MSR-1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: A4TVL0 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-DMS / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 68 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | Details: 64 MM SODIUM CITRATE PH 7.0, 100 MM HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 24, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→39 Å / Num. obs: 19746 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.53 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.07 Å / Redundancy: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4V2Y Resolution: 2.9→38.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 24.246 / SU ML: 0.202 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.273 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.624 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→38.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|