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- PDB-3e5z: X-Ray structure of the putative gluconolactonase in protein famil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5z
タイトルX-Ray structure of the putative gluconolactonase in protein family PF08450. Northeast Structural Genomics Consortium target DrR130.
要素putative Gluconolactonase
キーワードstructural genomics / unknown function / X-Ray NESG Q9RXN3 gluconolactonase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Senescence marker protein-30 (SMP-30) / : / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gluconolactonase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Tong, S.N. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray structure of the putative gluconolactonase in protein family PF08450. Northeast Structural Genomics Consortium target DrR130.
著者: Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Tong, S.N. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative Gluconolactonase
B: putative Gluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7904
ポリマ－65,7422
非ポリマー492
水4,306239
1
A: putative Gluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8952
ポリマ－32,8711
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: putative Gluconolactonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8952
ポリマ－32,8711
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.420, 93.400, 76.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 putative Gluconolactonase


分子量: 32870.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DR_0277 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9RXN3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M NaCl 0.1M TOPS 18% PEG 3350, MgL2 as additive, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 81184 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 10.885 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22908 1867 5 %RANDOM
Rwork0.19282 ---
obs0.19466 35195 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.69 Å20 Å20.76 Å2
2---2.5 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4490 0 2 239 4731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9466284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2385578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.52823.246228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.88115690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4571542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.52942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11824598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69231916
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6424.51686
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.006→2.058 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 112 -
Rwork0.225 2029 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.9275 Å / Origin y: 50.1732 Å / Origin z: 56.7859 Å
111213212223313233
T-0.125 Å2-0.0064 Å2-0.0103 Å2--0.0158 Å20.0251 Å2---0.0795 Å2
L0.1144 °2-0.1485 °2-0.0788 °2-2.0537 °21.0589 °2--0.7122 °2
S0.0165 Å °-0.0001 Å °-0.0028 Å °-0.0034 Å °-0.0343 Å °0.0306 Å °-0.0578 Å °-0.0281 Å °0.0178 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B298 - 429
2X-RAY DIFFRACTION1A298 - 404
3X-RAY DIFFRACTION1B297
4X-RAY DIFFRACTION1A297
5X-RAY DIFFRACTION1B2 - 291
6X-RAY DIFFRACTION1A2 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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