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万見
- PDB-7bkg: Co-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bkg
タイトルCo-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) with the tricyclic inhibitor (2)
要素Nicotinamide N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyl Transferase / drug discovery / Inhibitor complex / Nicotinamide / metabolic disorders
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / positive regulation of protein deacetylation / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / : / Methylation / Nicotinamide salvage / animal organ regeneration ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide N-methyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / positive regulation of protein deacetylation / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / : / Methylation / Nicotinamide salvage / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / : / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-U0Z / Nicotinamide N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.326 Å
データ登録者Schreuder, H.A. / Liesum, A.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Novel Inhibitors of Nicotinamide- N -Methyltransferase for the Treatment of Metabolic Disorders.
著者: Kannt, A. / Rajagopal, S. / Hallur, M.S. / Swamy, I. / Kristam, R. / Dhakshinamoorthy, S. / Czech, J. / Zech, G. / Schreuder, H. / Ruf, S.
履歴
登録2021年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide N-methyltransferase
B: Nicotinamide N-methyltransferase
C: Nicotinamide N-methyltransferase
D: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,16312
ポリマ－125,8644
非ポリマー2,2998
水11,043613
1
A: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0413
ポリマ－31,4661
非ポリマー5752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0413
ポリマ－31,4661
非ポリマー5752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0413
ポリマ－31,4661
非ポリマー5752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nicotinamide N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0413
ポリマ－31,4661
非ポリマー5752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.935, 62.304, 107.61
Angle α, β, γ (deg.)91.64, 98.25, 111.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nicotinamide N-methyltransferase


分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-U0Z / 5,6-dihydro-2-imino-2H,4H-thiazolo(5,4,3-IJ)quinoline / 3-Thia-1-azatricyclo[6.3.1.04,12]dodeca-4,6,8(12)-trien-2-imine


分子量: 190.265 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Human NNMT was crystallized using the following conditions: A protein solution with 6 mg/ml NNMT, 50 mM Tris/HCL, pH 8.0, 1 mM DTT, 86uM S-Adenosyl-L-Homocysteine (SAH), 0.95mM ligand and 5% ...詳細: Human NNMT was crystallized using the following conditions: A protein solution with 6 mg/ml NNMT, 50 mM Tris/HCL, pH 8.0, 1 mM DTT, 86uM S-Adenosyl-L-Homocysteine (SAH), 0.95mM ligand and 5% v/v glycerol was equilibrated at room temperature in a hanging drop setup against 2.2 M ammonium sulfate with 0.1 M HEPES/Na, pH 7.6. Small crystal appeared after 1-2 weeks.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.326→106.079 Å / Num. obs: 45768 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.326→2.334 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 447 / Rpim(I) all: 0.348 / Rrim(I) all: 0.492 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2iip

2iip


解像度: 2.326→57.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU R Cruickshank DPI: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.403 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 2298 -RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1783 45766 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9564 Å20.6922 Å2-3.297 Å2
2--9.3602 Å20.9564 Å2
3----5.4038 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.326→57.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8160 0 156 613 8929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088581HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg111646HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2957SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1462HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8581HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1089SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7818SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.34 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 38 -
Rwork0.1947 --
obs0.1998 916 94.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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