PDB-3e2a: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant Y181F with 100 mM ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e2a

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant Y181F with 100 mM bicarbonate

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Lee, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase.
著者: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e2a.cif.gz	255.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e2a.ent.gz	207.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e2a_validation.pdf.gz	509.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e2a_full_validation.pdf.gz	538.1 KB	表示
XML形式データ	3e2a_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	3e2a_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1vC 3e1wC 3e24C 3e28C 3e2wC 2a8dS 2a8c 3e2x 3e31 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e28-2 3e28-1 3e3g-2 3e3g-1 4gua-3 3e2w-1 4oc1-d 4waj-1 3sjx-d 3e3i-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (8) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

159 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.606, 145.512, 53.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26270.984 Da / 分子数: 6 / 変異: Y181F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes, 1.5 M ammonium sulfate, 4% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月13日
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.301→25 Å / Num. obs: 77406 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.53 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2.301→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 7649 / Χ²: 0.989 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.301→24.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.15 / SU ML: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	7808	10.1 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.205	77404	-	-
obs	0.205	77404	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.25 Å² / B_iso mean: 44.228 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→24.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9906	0	70	158	10134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	10192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.932	13784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.886	3.001	16408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.921	5	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.527	24.204	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.031	15	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.481	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	6722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.164	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.341	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.751	1.5	7980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.11	1.5	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.921	2	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.481	3	4745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.047	4.5	3944

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	582	-
R_work	0.215	4982	-
all	-	5564	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1854	-0.0686	0.9688	0.7589	-0.2018	0.9406	0.2206	0.2303	-0.495	0.0574	-0.0119	-0.1096	0.2011	0.1866	-0.2087	-0.1853	0.0755	-0.0468	-0.0865	-0.0653	0.0827	9.305	52.714	27.651
2	2.2628	-0.0254	0.3246	1.8893	-0.4713	3.0816	-0.1957	0.214	0.3082	0.0193	0.0059	-0.226	-0.8518	0.4807	0.1898	-0.0585	-0.1418	-0.032	-0.0997	0.05	-0.0358	8.847	84.149	23.628
3	1.4747	-0.4197	0.3978	2.5835	-0.6997	2.6425	-0.0356	-0.0175	0.1483	-0.0103	0.0288	0.2043	-0.5454	-0.376	0.0067	-0.0662	0.0607	0.0262	-0.1339	-0.0024	-0.0968	48.303	122.945	4.679
4	1.915	-0.044	0.4987	1.6178	0.1088	1.386	-0.0501	0.1101	0.0778	-0.0195	-0.0279	-0.4899	-0.0178	0.2319	0.0781	-0.1733	-0.0629	0.0424	-0.1002	0.0206	0.0267	76.676	109.129	7.767
5	1.5629	0.0694	-0.3741	2.2361	-0.5655	2.2311	0.0139	-0.0203	-0.0868	0.0254	0.0763	0.5103	0.0268	-0.6919	-0.0902	-0.2113	-0.0438	0.0283	0.0315	0.0074	-0.0172	39.539	103.849	10.329
6	1.3675	0.303	0.0736	2.0575	0.2953	0.9668	0.0514	0.017	-0.2076	-0.0413	-0.0336	-0.2485	0.2933	0.0624	-0.0178	-0.0666	0.0003	0.0378	-0.1719	-0.0008	-0.0556	67.748	90.211	4.664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 219

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