PDB-3e1v: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1v

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / active site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Chapnick, D.A. / Shah, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase.
著者: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e1v.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e1v.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e1v_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e1v_full_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示
XML形式データ	3e1v_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3e1v_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1wC 3e24C 3e28C 3e2aC 3e2wC 2a8dS 2a8c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e3f-1 3e31-1 3e24-1 3e2x-1 5iwc-d 10237 1cla-1 3zs9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.574, 81.574, 187.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26286.000 Da / 分子数: 2 / 変異: D44N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→74.824 Å / Num. all: 162075 / Num. obs: 16060 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.8-2.95	6	0.341	2.3	13437	2249	0.341	97.4
2.95-3.13	6.3	0.254	3.1	13521	2160	0.254	98.1
3.13-3.34	6.3	0.18	4.3	12713	2033	0.18	98.3
3.34-3.61	6.3	0.123	6.1	12012	1916	0.123	98.6
3.61-3.96	6.3	0.089	8.2	11140	1777	0.089	98.8
3.96-4.42	6.2	0.069	10.1	10094	1622	0.069	98.9
4.42-5.11	20.9	0.084	8.7	30362	1452	0.084	99.4
5.11-6.26	23	0.106	7.1	28909	1258	0.106	99.6
6.26-8.85	21	0.07	10.5	21186	1007	0.07	99.9
8.85-29.23	14.8	0.031	20.4	8701	586	0.031	97

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	29.22 Å
Translation	2.8 Å	29.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.8→28.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / WR_factor R_free: 0.204 / WR_factor R_work: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.866 / SU B: 22.129 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.505 / SU R_free: 0.293 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	812	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	16044	98.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.51 Å² / B_iso mean: 39.558 Å² / B_iso min: 7.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2890	0	2	21	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.349	1.93	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.875	3.002	4758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.186	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.516	23.824	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.228	15	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.982	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.328	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.279	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.714	1.5	2326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.082	1.5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.843	2	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.062	3	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.677	4.5	1110

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	70	-
R_work	0.244	1043	-
all	-	1113	-
obs	-	-	96.45 %

精密化 TLS

S11: 0.0749 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0411	0.1905	-0.7111	3.2294	-1.0981	3.4504	0.3821	0.0167	-0.3922	-0.1149	-0.1057	0.3283	0.0512	0.04	-0.1555	-0.0134	0.0326	-0.1974	0.0357	-0.0179	65.695	53.965	171.04
2	2.7702	0.2561	0.2648	3.7708	-0.7848	3.6716	-0.0962	-0.2153	0.0955	-0.0139	-0.3827	0.573	0.3579	-0.061	-0.0596	0.0091	-0.006	-0.284	0.0451	0.0721	68.046	43.202	194.621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	34 - 215	34 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	34 - 215	34 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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