PDB-3dvi: Crystal structure of kappa 1 amyloidogenic light chain variable domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dvi

タイトル

Crystal structure of kappa 1 amyloidogenic light chain variable domain

要素

Amyloidogenic light chain variable domain AL-103

キーワード

PROTEIN FIBRIL / AL / light chain amyloidosis / amyloid / immunoglobulin / light chain / light chain variable domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Thompson, J.R. / Randles, E.G. / Ramirez-Alvarado, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural alterations within native amyloidogenic immunoglobulin light chains.
著者: Randles, E.G. / Thompson, J.R. / Martin, D.J. / Ramirez-Alvarado, M.

履歴

登録	2008年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dvi.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dvi.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dvfC 2q20S 2q1e S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k07-5 3cdy-d 1a7n-d 4k07-4 2w0l-2 5c9k-11 1b0w-1 3auv-4 2w0k-1 3u79-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Amyloidogenic light chain variable domain AL-103

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloidogenic light chain variable domain AL-103

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.020, 47.020, 103.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-292- HOH

#1: 抗体	Amyloidogenic light chain variable domain AL-103 分子量: 11972.257 Da / 分子数: 1 / 変異: N34I, D92H, Q100P, 95ProIns / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Mutant of vk1 o18/o8 germline / プラスミド: pET12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Protein: 1.26 mM. Mother Liquor: 15% w/v polyethylene glycol 8000, 0.05 M magnesium acetate, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris buffer, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5241 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月20日 / 詳細: Osmic VariMax optics
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5241 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→103.14 Å / Num. all: 18394 / Num. obs: 16734 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.62 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.53→1.58 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.365 / % possible all: 35.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2Q20

2q20

解像度: 1.53→103.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.714 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25144	534	3.2 %	RANDOM
R_work	0.18949	-	-	-
all	0.19138	18394	-	-
obs	0.19138	16194	91.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→103.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	916	0	0	202	1118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.88	1.966	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.148	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.39	25	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.452	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.859	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.879	1.5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.529	2	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.605	3	376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.76	4.5	309
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.128	3	999
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.015	3	202
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.064	3	916

LS精密化シェル

解像度: 1.53→1.58 Å / Num. reflection R_work: 387 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5459	10.7456	3.9536	36.5432	6.3201	2.0938	-0.2391	0.5799	-0.1365	-1.0332	0.0465	-0.3801	0.0402	0.2453	0.1926	0.2426	-0.135	-0.0735	0.0973	0.0321	-0.0547	-13.2253	2.4271	-8.6704
2	7.223	4.821	1.6153	9.3141	0.1992	0.4879	-0.4708	0.014	0.2217	-0.6582	0.4873	0.0498	-0.1558	0.0328	-0.0165	0.1486	-0.0544	-0.0212	0.0931	0.0083	0.0067	-6.7109	14.151	2.0674
3	2.0757	2.033	1.9526	3.4206	1.9065	3.2148	-0.135	0.0373	0.1557	-0.1799	0.1359	0.0825	-0.0736	0.0593	-0.0009	0.0528	-0.0007	-0.0148	0.0485	-0.0201	0.016	-7.1787	14.2579	10.0844
4	5.9543	-0.938	1.8202	5.3249	-1.6203	8.0542	-0.2106	0.2162	0.1732	-0.4715	0.1856	0.4576	-0.0998	-0.1794	0.025	0.0877	-0.0526	-0.0365	0.0515	0.0379	0.0439	-16.4484	-1.1758	1.6972
5	5.5003	2.4731	1.1759	1.8488	1.6849	4.8926	0.0452	0.1806	-0.498	0.0835	0.3727	-0.5707	0.0943	0.338	-0.4179	0.0271	0.0051	0.007	0.0348	-0.065	0.0962	-0.9001	3.725	6.6498
6	20.5846	2.1678	-8.4278	9.898	-0.5046	20.2964	0.5588	0.1099	0.0029	0.0425	0.3187	-0.6311	-0.089	1.9475	-0.8775	-0.0377	0.0417	-0.0447	0.2702	-0.2323	0.1494	7.0152	2.7653	5.691
7	5.2024	5.596	0.1988	8.318	1.9117	1.2618	0.2483	-0.1908	-0.6653	0.7693	-0.0464	-0.7179	0.1386	-0.0191	-0.202	0.1176	-0.0106	-0.0547	0.013	0.0036	0.0611	-6.663	-0.9618	10.7413
8	20.1985	-7.6876	9.9293	5.3739	-4.9462	6.8262	-0.1972	-0.2644	-0.3472	0.7557	0.1131	-0.2538	0.1754	-0.0651	0.0841	0.2207	-0.0092	-0.0682	0.0392	0.0375	0.0139	-6.2976	-3.4339	15.5895
9	3.5413	0.9705	1.7004	3.3237	0.7202	3.3552	0.0463	-0.2265	-0.0387	0.2632	0.0139	-0.097	0.0384	-0.0028	-0.0602	0.0983	0.0044	-0.0013	0.0588	0.0104	0.017	-7.8446	4.5614	14.6061
10	6.949	4.2568	5.6187	5.8998	4.1237	7.6803	-0.0437	-0.1726	0.1922	0.0444	0.0904	-0.0469	-0.0352	0.0063	-0.0467	0.059	0.0127	0.0122	0.0578	-0.0162	0.0314	-7.9309	10.1395	12.8104
11	2.6285	2.157	1.1269	4.1259	1.3861	2.383	-0.2076	0.1829	-0.178	-0.1431	0.4089	-0.4809	-0.1048	0.2677	-0.2012	0.033	0.0022	0.0173	0.0674	-0.0546	0.0705	-1.1365	6.569	7.8624
12	3.7014	3.4947	2.7236	8.3856	1.6044	9.4111	0.0598	0.3412	-0.0188	-0.2029	0.0356	0.1269	-0.3027	0.1638	-0.0955	0.0538	-0.0426	0.0066	0.1251	-0.0599	0.0373	-11.1224	-4.8879	-4.8564
13	9.1843	9.044	1.9391	11.5102	-0.6669	9.2345	-0.4748	0.5838	-0.2505	-0.6149	0.6426	-0.4685	0.0607	0.1617	-0.1678	0.0611	-0.0381	0.0468	0.0792	-0.0559	0.0252	-2.6476	9.6392	0.5232
14	15.0933	-2.1155	-4.9826	38.9459	8.4777	10.4892	-0.0001	-0.3965	1.0706	0.1069	1.0499	-1.5938	-1.1113	0.7206	-1.0497	0.0771	-0.0127	-0.0011	0.068	-0.1123	0.0714	3.8134	19.2289	10.479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 3	1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	4 - 11	5 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	12 - 26	13 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	27 - 33	28 - 34
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	34 - 39	35 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	40 - 45	41 - 46
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	46 - 51	47 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	52 - 56	53 - 57
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	57 - 69	58 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	70 - 78	71 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	79 - 91	80 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	92 - 98	93 - 99
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	99 - 104	100 - 105
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	105 - 108	106 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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