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- PDB-4k07: Crystal structure of the amyloid-forming immunoglobulin AL-103 ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k07
タイトルCrystal structure of the amyloid-forming immunoglobulin AL-103 cis-proline 95 mutant
要素Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin variable domain / amyloid protein / patient-derived sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Thompson, J.R. / Berkholz, D.S. / Mahlum, E.W. / Ramirez-Alvarado, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Kinetic control in protein folding for light chain amyloidosis and the differential effects of somatic mutations.
著者: Blancas-Mejia, L.M. / Tischer, A. / Thompson, J.R. / Tai, J. / Wang, L. / Auton, M. / Ramirez-Alvarado, M.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
B: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
C: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
D: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
E: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
F: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
G: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
H: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
I: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
J: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,58411
ポリマ－140,48810
非ポリマー961
水59433
1
A: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
B: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1943
ポリマ－28,0982
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
2
C: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
D: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0982
ポリマ－28,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
3
E: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
F: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0982
ポリマ－28,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
4
G: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
H: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0982
ポリマ－28,0982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
5
I: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103
J: Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0982
ポリマ－28,0982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.910, 200.334, 40.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: 抗体
Amyloidogenic immunoglobulin light chain protein AL-103


分子量: 14048.806 Da / 分子数: 10 / 断片: variable domain / 変異: cis-proline 95 insert / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01594*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG8000, 443 mM ammonium nitrate, 100 mM sodium acetate, pH 5.5, 666 mM NDSB 201, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.992349 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992349 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→37.13 Å / Num. all: 31753 / Num. obs: 31753 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.83→3.048 Å / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1263)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→37.13 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 642 2.08 %RANDOM
Rwork0.2021 ---
obs0.2028 30878 96.99 %-
all-30878 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→37.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8350 0 5 33 8388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23611815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2023145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.83-3.04890.29491220.27165550X-RAY DIFFRACTION91
3.0489-3.35550.28421240.25645950X-RAY DIFFRACTION97
3.3555-3.84070.27491320.21546025X-RAY DIFFRACTION98
3.8407-4.83710.22291310.17676192X-RAY DIFFRACTION99
4.8371-37.13280.2091330.1926519X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.13382.0032-0.22635.36260.54196.72920.5616-0.37320.24420.4263-0.59220.38060.142-0.83860.17160.6026-0.03110.10610.8796-0.1780.5111-30.2337-39.9929-1.6416
26.675-2.305-3.65916.66390.34046.00840.2362-0.48990.2383-0.29280.4472-0.4215-0.34140.6051-0.58780.40520.05010.04340.8442-0.1380.5565-22.5812-37.1897-9.1071
36.78870.6883-0.21524.8741-2.5238.2206-0.71660.64261.8787-0.18420.614-0.2393-0.19881.06330.11490.84140.10510.07270.91820.03960.9721-28.4079-30.4144-13.3341
48.46123.0865-2.46083.1669-1.22941.92680.02690.03860.4719-0.30560.1354-0.1317-0.5729-0.2165-0.10830.53620.13570.03170.7859-0.14480.4552-25.643-37.8462-6.903
53.0027-0.60993.43845.5848-2.80334.66540.23920.2593-0.9037-1.2844-0.984-2.15822.84261.32440.18440.8128-0.05360.16051.1026-0.09720.6963-36.5865-48.3428-8.2478
68.5569-0.8642-0.30093.1733-3.60596.8993-0.19870.09920.7912-0.11480.4007-0.1245-0.5172-0.5350.09940.55480.0442-0.00450.6023-0.1260.6188-10.8943-52.4851-19.2117
74.2866-2.7816-2.18262.41690.61926.42020.7810.5979-0.4797-0.845-0.965-0.4609-0.38610.5242-0.2420.42390.1363-0.08690.83620.00130.6212-6.0418-42.372-19.7106
85.7827-0.1689-3.47922.4787-1.00742.316-0.0813-0.4537-0.32441.04970.08530.91820.293-0.79560.30630.5099-0.04740.08790.56710.10.7587-13.7103-48.1055-7.6139
93.0150.75912.18795.6639-3.98695.4353-0.2106-0.43340.39030.8146-0.4771-1.4604-0.329-0.47090.71440.8341-0.0359-0.01710.7929-0.0440.623-2.8861-46.7632-6.7754
106.1079-0.82840.95889.78740.04081.7475-0.2096-0.8940.37470.30740.63230.3197-0.0382-0.397-0.29070.50080.04970.05870.5794-0.03210.2915-10.1632-47.2155-13.7856
113.98190.60043.56629.0221.76174.4654-0.6465-2.5195-0.31230.0477-1.04961.62192.6661-1.11321.01650.9130.03280.13690.9187-0.01840.6689-14.593-61.7452-13.764
123.94210.4682.71484.2375-1.74655.8325-0.3703-0.6703-0.36430.58950.733-0.408-0.0692-1.0509-0.40990.6339-0.0917-0.02940.6552-0.06080.5776-5.2253-66.7201-22.3701
134.2283-5.66723.90318.5918-4.17593.4923-0.537-1.3637-0.06430.51621.3827-0.1346-0.04430.8636-0.68350.7094-0.0892-0.12180.634-0.13520.56285.3797-69.8244-22.6073
144.53993.1864-0.1024.36312.83433.79520.1669-0.20750.1804-0.6325-0.19380.94740.3688-0.96550.34840.6469-0.0754-0.06030.51240.02230.5672-5.0207-72.2778-33.7243
154.1029-6.4229-1.28439.03752.20078.6760.64030.42520.4817-1.1241-0.2963-1.4286-0.5353-0.24040.19070.8670.0611-0.01850.51160.09070.74643.0703-65.0587-35.6236
165.8528-1.42830.61835.9252-0.15414.4624-0.0484-0.0071-0.39320.55130.093-0.0847-0.0177-0.09410.00060.4412-0.02960.03820.2699-0.01540.3403-1.4581-70.064-27.9581
177.4615-0.1237-3.69297.0716-6.85838.7492-1.0922-2.46490.3355-1.5322-0.3187-1.06971.4116-1.0782-0.04120.559-0.0774-0.26550.6431-0.33860.6967-15.0083-63.3011-26.8937
184.6242-0.91210.45334.08732.82866.06230.11720.50850.18-0.52850.18870.24960.5920.1234-0.13650.8050.0671-0.07590.5109-0.10370.7511-8.8927-90.5271-39.9732
194.0947-2.1070.77734.93550.7057.221-0.2583-0.50850.09150.1007-0.157-0.1703-0.28070.48640.02750.8371-0.02190.12090.3664-0.10850.7578-1.946-86.0848-32.5062
205.59655.9404-5.4287.523-7.00846.60830.1302-0.5241-1.8553-0.8253-0.9142-0.75390.66770.86351.00650.8040.0075-0.03420.7285-0.07570.9161-0.1803-94.845-28.4368
217.93741.0803-0.39443.2569-0.8731.9248-0.4014-0.00670.2752-0.380.2271-0.16020.13040.02460.11890.7936-0.08440.00740.4052-0.10490.553-4.3724-88.1174-34.7721
222.62540.59460.70775.6637-5.29545.7784-1.15730.52860.1163-1.03541.48510.61930.7991-1.001-0.67070.8741-0.14880.24290.8662-0.08850.9333-19.3014-90.2366-32.8548
232.63880.9688-0.67798.50814.48554.7883-0.4224-0.00160.0619-1.45220.4929-0.3627-1.26320.5928-0.02060.9014-0.11830.06551.06840.31211.285520.1346-5.0748-30.8266
245.20152.01681.88671.79812.98226.1829-1.21371.4241.9307-0.88411.70071.8436-1.8461-0.1725-0.59140.9740.11480.04330.85520.52761.73739.9329-3.1014-34.912
259.11752.1084-1.19143.61282.97913.62790.5249-1.2551.39170.8451-0.06091.2313-0.2597-0.4924-0.40460.72660.08310.07080.61350.0430.931313.2878-10.4056-21.5842
267.76711.7222-1.52216.6673-3.72033.3551.4266-0.30720.9720.1515-0.81953.90570.21730.1137-0.9881.24840.05430.04370.685-0.13412.11438.3721-0.3706-21.1896
278.5871.43030.82393.45020.87263.4353-0.1768-0.05110.7395-0.43180.43590.9632-0.4345-0.4557-0.08130.9199-0.01650.10730.56430.03731.19613.459-6.6264-27.5804
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
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2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 48 )
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5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 107 )
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9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 49 through 67 )
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 102 through 107 )
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23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 0 through 18 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 19 through 32 )
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42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 49 through 67 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 68 through 101 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 102 through 107 )
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46X-RAY DIFFRACTION46chain 'I' and (resid 33 through 48 )
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55X-RAY DIFFRACTION55chain 'J' and (resid 102 through 107 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る