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- PDB-1a7p: FV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7p
タイトルFV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) ENGINEERED MUTANT PRO95L->SER ON VARIANT CHAIN L GLU81->ASP AND CHAIN H LEU312->VAL
要素
  • IGG1-KAPPA D1.3 FV (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-KAPPA D1.3 FV (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / adaptive immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Immunoglobulin kappa chain variable 12-41 / Ig heavy chain V region PJ14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Marks, C. / Henrick, K. / Winter, G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Structures of D1.3 Fv Mutants
著者: Marks, C. / Henrick, K. / Winter, G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Bound Water Molecules and Conformational Stabilization Help Mediate an Antigen-Antibody Association
著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Boulot, G. / Greene, M.I. / Tello, D. / Dall'Acqua, W. / Souchon, H. / Schwarz, F.P. / Mariuzza, R.A. / Poljak, R.J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Small Rearrangements in Structures of Fv and Fab Fragments of Antibody D1.3 On Antigen Binding
著者: Bhat, T.N. / Bentley, G.A. / Fischmann, T.O. / Boulot, G. / Poljak, R.J.
履歴
登録1998年3月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / software ...database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1-KAPPA D1.3 FV (LIGHT CHAIN)
H: IGG1-KAPPA D1.3 FV (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5803
ポリマ－24,5202
非ポリマー601
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.301, 90.301, 56.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 IGG1-KAPPA D1.3 FV (LIGHT CHAIN)


分子量: 11676.913 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT / 変異: P95S, E81D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: CHAIN L, E81D, CHAIN H, L312V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01635
#2: 抗体 IGG1-KAPPA D1.3 FV (HEAVY CHAIN)


分子量: 12843.249 Da / 分子数: 1 / 断片: FV FRAGMENT / 変異: L312V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Variant: CHAIN L, E81D, CHAIN H, L312V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01820
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ANTIBODY IS SECRETED INTO PERIPLASMIC SPACE. VH AND VL DOMAINS ARE COVALENTLY LINKED AND THEY ...THE ANTIBODY IS SECRETED INTO PERIPLASMIC SPACE. VH AND VL DOMAINS ARE COVALENTLY LINKED AND THEY ASSOCIATE SPONTANEOUSLY. CHAIN IDENTIFIER *L* STANDS FOR LIGHT-CHAIN RESIDUES, *H* FOR HEAVY-CHAIN RESIDUES. THE NUMBERING SYSTEM USED IN THIS ENTRY IS SEQUENTIAL, FROM 1 - 107 FOR THE LIGHT CHAIN AND FROM 201 - 316 FOR THE HEAVY CHAIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %

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データ収集

回折平均測定温度: 269 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→17.36 Å / Num. obs: 165247 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
AGROVATA/ROTAVATAデータ削減
ALMN/CCP4モデル構築
CCP4精密化
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4(ALMN)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VFA

1vfa


解像度: 2.01→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.174 -
all-16104
obs-16104
原子変位パラメータBiso mean: 20.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 4 141 1855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0510.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0510.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5061.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.2372
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9782
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.393
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1460.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1720.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1740.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.160.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.5193
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.9320
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor12.3415
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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