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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dp8
タイトルStructural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA (nickel butane-1,2,4-tricarboxylate form)
要素Nickel-binding periplasmic protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Nickel / Nickellophore / Butane-1 / 2 / 4-tricarboxylate / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II ...Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (2R)-butane-1,2,4-tricarboxylic acid / NICKEL (II) ION / Nickel-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cherrier, M.V. / Cavazza, C. / Bochot, C. / Lemaire, D. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural characterization of a putative endogenous metal chelator in the periplasmic nickel transporter NikA
著者: Cherrier, M.V. / Cavazza, C. / Bochot, C. / Lemaire, D. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel-binding periplasmic protein
B: Nickel-binding periplasmic protein
C: Nickel-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,55936
ポリマ－169,0823
非ポリマー2,47733
水4,774265
1
A: Nickel-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,38114
ポリマ－56,3611
非ポリマー1,02013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nickel-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,32014
ポリマ－56,3611
非ポリマー96013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nickel-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8588
ポリマ－56,3611
非ポリマー4977
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.570, 158.570, 134.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Nickel-binding periplasmic protein / NikA


分子量: 56360.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nikA, b3476, JW3441 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 7種, 298分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-HCT / (2R)-butane-1,2,4-tricarboxylic acid / [R,(+)]-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 190.151 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O6
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 64541 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. measured obs: 20248 / Num. unique all: 13530 / Num. unique obs: 6977 / Rsym value: 0.326

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZLQ

1zlq


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 10.21 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1707 2.6 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 64541 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.84 Å2 / Biso mean: 51.118 Å2 / Biso min: 17.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.26 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11824 0 146 265 12235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02212540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9631.96717112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.94651571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.22524.832596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.33152089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.81566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.25984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.28292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9551.57886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.644212415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40835370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7144.54655
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 143 -
Rwork0.298 4754 -
all-4897 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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