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Yorodumi- PDB-4i9d: X-ray structure of NikA in complex with Fe-N,N'-Bis(2-pyridylmeth... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i9d | ||||||
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Title | X-ray structure of NikA in complex with Fe-N,N'-Bis(2-pyridylmethyl)-N-carboxymethyl-N'-methyl | ||||||
Components | Nickel-binding periplasmic protein | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-BOUND IRON COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / heme binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Cherrier, M.V. / Amara, P. / Iannello, M. / Cavazza, C. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2013 Title: An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach. Authors: Esmieu, C. / Cherrier, M.V. / Amara, P. / Girgenti, E. / Marchi-Delapierre, C. / Oddon, F. / Iannello, M. / Jorge-Robin, A. / Cavazza, C. / Menage, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i9d.cif.gz | 455.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i9d.ent.gz | 372.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4i9d_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4i9d_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 4i9d_validation.xml.gz | 57.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4i9d_validation.cif.gz | 85.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/4i9d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1zlqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 56360.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: BL21(DE3) / Gene: b3476, JW3441, nikA / Plasmid: Pet22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P33590, EC: 3.6.3.24 |
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-Non-polymers , 5 types, 1247 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.7 Details: 1.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.27985 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 18, 2010 / Details: Mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.27985 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. obs: 113057 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.693 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ZLQ Resolution: 1.7→40.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8856 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.419 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.28 Å2 / Biso mean: 24.0375 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→40.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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