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- PDB-2noo: Crystal Structure of Mutant NikA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2noo
タイトルCrystal Structure of Mutant NikA
要素Nickel-binding periplasmic protein
キーワードHYDROLASE / Nickel-bound / Transport / Iodine / periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / nickel cation transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space ...nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / nickel cation transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II ...Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / NICKEL (II) ION / Nickel-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Addy, C. / Ohara, M. / Kawai, F. / Kidera, A. / Ikeguchi, M. / Fuchigami, S. / Osawa, M. / Shimada, I. / Park, S.Y. / Tame, J.R.H. / Heddle, J.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography.
著者: Addy, C. / Ohara, M. / Kawai, F. / Kidera, A. / Ikeguchi, M. / Fuchigami, S. / Osawa, M. / Shimada, I. / Park, S.Y. / Tame, J.R. / Heddle, J.G.
履歴
登録2006年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5904
ポリマ－56,2781
非ポリマー3133
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.470, 92.248, 116.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymetric unit contains one monomer. The biological assembly is one monomer.

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要素

#1: タンパク質 Nickel-binding periplasmic protein / NikA


分子量: 56277.637 Da / 分子数: 1 / 変異: Y22A, R97A, W100A, R137A, W398A, Y402A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: nikA / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33590, EC: 3.6.3.24
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium iodide, nickel chloride, pH 5.5, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月26日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 54989 / % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.474 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.710.20542470.15275.5
1.71-1.780.18551890.16391.7
1.78-1.860.15954890.16997
1.86-1.960.12555950.19698.4
1.96-2.080.09556130.2298.6
2.08-2.240.07456300.2699.3
2.24-2.460.06456900.32199.3
2.46-2.820.0657280.55299.4
2.82-3.550.04757770.84699.5
3.55-500.03560311.10599.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.388 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.62
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å32.58 Å
Translation3 Å32.58 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uiv

1uiv


解像度: 1.65→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.776 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2788 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 54867 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3899 0 3 348 4250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.975446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80238388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12825182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94815654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.011519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.23635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.52499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.251.5983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55924027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6831649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0814.51419
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 154 -
Rwork0.203 2844 -
obs-2998 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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