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- PDB-3dmm: Crystal structure of the CD8 alpha beta/H-2Dd complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dmm
タイトルCrystal structure of the CD8 alpha beta/H-2Dd complex
要素
  • (T-cell surface glycoprotein CD8 ...) x 2
  • Beta-2 microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
  • Synthetic peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell co-receptor CD8ab MHC complex / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Phosphoprotein / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted / Envelope protein / Alternative splicing / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent ...cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / Neutrophil degranulation / T cell activation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / calcium-mediated signaling / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / defense response to virus / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin ...T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, R. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the CD8alphabeta/MHC class i interaction: focused recognition orients CD8beta to a T cell proximal position.
著者: Wang, R. / Natarajan, K. / Margulies, D.H.
履歴
登録2008年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2 microglobulin
P: Synthetic peptide
C: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
D: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1205
ポリマ－80,1205
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-33.8 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.468, 96.694, 97.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT IS THE BIOLOGICAL COMPLEX, CONSISTING OF CHAINS A,B,P,C,D.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32007.609 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha-1,2,3 regions: Residues 26-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XJ8, UniProt: P01887*PLUS

-
T-cell surface glycoprotein CD8 ... , 2種, 2分子 CD

#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2 / CD8a antigen


分子量: 18361.881 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like V-type domain: Residues 28-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01731
#5: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-3 / T-cell membrane glycoprotein Ly-3 / Lymphocyte antigen 3 / CD8b antigen


分子量: 16883.535 Da / 分子数: 1 / 断片: Ig-like V-type domain: Residues 22-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8b, Cd8b1, Ly-3, Lyt-3, Lyt3 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10300

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 38分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 3000, 0.05M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 22842 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.45
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1QO3, 2ATP

1qo3

2atp


解像度: 2.6→43.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 92554.89 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1277 5.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 21800 91.8 %-
all-21800 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 63.66 Å2 / ksol: 0.409086 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.731 Å20 Å20 Å2
2--3.487 Å20 Å2
3----17.218 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5059 0 0 37 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 155 5.7 %
Rwork0.364 2541 -
obs--69.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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