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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jxi
タイトルDirected evolution and rational design of a de novo designed esterase toward improved catalysis. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR184
要素design cystein esterase
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BROMIDE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Kuzin, A. / Smith, M.D. / Richter, F. / Lew, S. / Seetharaman, R. / Bryan, C. / Lech, Z. / Kiss, G. / Moretti, R. / Maglaqui, M. ...Kuzin, A. / Smith, M.D. / Richter, F. / Lew, S. / Seetharaman, R. / Bryan, C. / Lech, Z. / Kiss, G. / Moretti, R. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Smith, M. / Everett, J.K. / Nguyen, R. / Pande, V. / Hilvert, D. / Kornhaber, G. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Directed evolution and rational design of a de novo designed esterase toward improved catalysis. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR184
著者: Kuzin, A. / Smith, M.D. / Richter, F. / Lew, S. / Seetharaman, R. / Bryan, C. / Lech, Z. / Kiss, G. / Moretti, R. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Smith, M. / Everett, J.K. / Nguyen, R. ...著者: Kuzin, A. / Smith, M.D. / Richter, F. / Lew, S. / Seetharaman, R. / Bryan, C. / Lech, Z. / Kiss, G. / Moretti, R. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Smith, M. / Everett, J.K. / Nguyen, R. / Pande, V. / Hilvert, D. / Kornhaber, G. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2013年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: design cystein esterase
B: design cystein esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9419
ポリマ－97,0512
非ポリマー8907
水7,728429
1
A: design cystein esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7654
ポリマ－48,5261
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: design cystein esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1765
ポリマ－48,5261
非ポリマー6504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.201, 90.122, 137.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,46.43 kD,97.7%

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要素

#1: タンパク質 design cystein esterase


分子量: 48525.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:Potassium Bromide 0.1M,mMES 0.1M, PEG4000 40% (w/v), microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 38878 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 18.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U10

3u10


解像度: 2.29→29.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 3364 4.96 %
Rwork0.1652 --
obs0.1686 67776 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.997 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6532 0 24 429 6985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.089154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3092457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2903-2.3230.30351230.20732397X-RAY DIFFRACTION89
2.323-2.35770.29031400.19492715X-RAY DIFFRACTION100
2.3577-2.39450.24141400.19032695X-RAY DIFFRACTION100
2.3945-2.43380.27381460.17672712X-RAY DIFFRACTION100
2.4338-2.47570.21751410.18072658X-RAY DIFFRACTION100
2.4757-2.52070.26671430.18242727X-RAY DIFFRACTION100
2.5207-2.56920.27891410.17992689X-RAY DIFFRACTION100
2.5692-2.62160.26751440.17662702X-RAY DIFFRACTION100
2.6216-2.67860.25241360.18362644X-RAY DIFFRACTION100
2.6786-2.74080.25411490.18582781X-RAY DIFFRACTION100
2.7408-2.80930.28891400.20072663X-RAY DIFFRACTION100
2.8093-2.88520.30651440.20372705X-RAY DIFFRACTION100
2.8852-2.970.28591370.19912683X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.06580.2811380.18862696X-RAY DIFFRACTION100
3.0658-3.17530.24091450.18292695X-RAY DIFFRACTION100
3.1753-3.30220.27461430.18312692X-RAY DIFFRACTION100
3.3022-3.45230.24311430.16412714X-RAY DIFFRACTION100
3.4523-3.6340.22091380.15772687X-RAY DIFFRACTION100
3.634-3.86130.21381410.13712696X-RAY DIFFRACTION100
3.8613-4.15870.16981350.13252713X-RAY DIFFRACTION100
4.1587-4.57580.16331440.122712X-RAY DIFFRACTION100
4.5758-5.23490.16911390.12292694X-RAY DIFFRACTION100
5.2349-6.58370.22611420.15452683X-RAY DIFFRACTION100
6.5837-29.82290.16351320.15192659X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.6334 Å / Origin y: -3.4973 Å / Origin z: -20.2981 Å
111213212223313233
T0.1433 Å20.0128 Å20.0155 Å2-0.0736 Å20.0252 Å2--0.1299 Å2
L0.5788 °2-0.1266 °2-0.2656 °2-0.1758 °20.3022 °2--0.5219 °2
S-0.0176 Å °-0.0009 Å °-0.0327 Å °0.0426 Å °-0.0091 Å °0.0556 Å °0.0655 Å °-0.0203 Å °0.0247 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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