PDB-3dgg: Crystal structure of FabOX108

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dgg

タイトル

Crystal structure of FabOX108

要素

FabOX108 Heavy Chain Fragment
FabOX108 Light Chain Fragment

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody fragments / Fabs / Transient expression / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF / Immunoglobulin domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ren, J. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2008
タイトル: A pipeline for the production of antibody fragments for structural studies using transient expression in HEK 293T cells.
著者: Nettleship, J.E. / Ren, J. / Rahman, N. / Berrow, N.S. / Hatherley, D. / Barclay, A.N. / Owens, R.J.

履歴

登録	2008年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年3月31日	Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dgg.cif.gz	185.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dgg.ent.gz	146.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dgg_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dgg_full_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示
XML形式データ	3dgg_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	3dgg_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3difC 32c2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ck0-d 3okm-d 6med-1 5ijk-1 5mv3-7 5bk3-2 5dyo-1 6ks2-2 5vzr-1 5mv3-8 3pho-d 7c95-1 4mhj-7 1bfo-4 4m61-2 1mrc-d 5mv3-3 2gsi-4 6tcp-1 5tdo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FabOX108 Light Chain Fragment

B: FabOX108 Heavy Chain Fragment

C: FabOX108 Light Chain Fragment

D: FabOX108 Heavy Chain Fragment

ヘテロ分子

97.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FabOX108 Light Chain Fragment

B: FabOX108 Heavy Chain Fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FabOX108 Light Chain Fragment

D: FabOX108 Heavy Chain Fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.225, 52.142, 112.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	3 - 93	3 - 93
2	1	1	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	3 - 93	3 - 93
3	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	99 - 107	99 - 107
4	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	99 - 107	99 - 107
1	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	112 - 210	112 - 210
2	1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	112 - 210	112 - 210
1	1	3	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	2 - 61	2 - 61
2	1	3	VAL	VAL	ASN	ASN	D	D	2 - 61	2 - 61
3	2	3	LYS	LYS	THR	THR	B	B	67 - 116	67 - 116
4	2	3	LYS	LYS	THR	THR	D	D	67 - 116	67 - 116
1	1	4	THR	THR	ALA	ALA	B	B	122 - 131	122 - 131
2	1	4	THR	THR	ALA	ALA	D	D	122 - 131	122 - 131
3	2	4	SER	SER	SER	SER	B	B	140 - 191	140 - 191
4	2	4	SER	SER	SER	SER	D	D	140 - 191	140 - 191
5	3	4	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	199 - 216	199 - 216
6	3	4	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	199 - 216	199 - 216

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: 抗体	FabOX108 Light Chain Fragment / VL 分子量: 23854.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pOPING-ET / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	FabOX108 Heavy Chain Fragment / VH 分子量: 24977.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pOPING-ET / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE SEQUENCE OF ENTITIES 1 AND 2 WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) ...THE SEQUENCE OF ENTITIES 1 AND 2 WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 5% v/v Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 39870 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3322 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 32C2

32c2

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 14.973 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24615	1947	5 %	RANDOM
R_work	0.18736	-	-	-
obs	0.19027	37098	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.909 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.32 Å²	0 Å²	-0.82 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6603	0	6	367	6976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.061	1.952	9238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.766	3.003	11060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.87	5	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.58	24.394	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.755	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.29	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.14	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.17	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.352	4	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.839	4	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.297	6	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.27	6	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.107	10	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	585	medium positional	0.16	0.5
2	A	585	medium positional	0.18	0.5
3	B	646	medium positional	0.17	0.5
4	B	468	medium positional	0.14	0.5
1	A	682	loose positional	0.63	5
2	A	698	loose positional	0.8	5
3	B	813	loose positional	0.64	5
4	B	500	loose positional	0.45	5
1	A	585	medium thermal	2.37	20
2	A	585	medium thermal	2.39	20
3	B	646	medium thermal	2.31	20
4	B	468	medium thermal	2.98	20
1	A	682	loose thermal	3.32	30
2	A	698	loose thermal	3.79	30
3	B	813	loose thermal	3.3	30
4	B	500	loose thermal	2.88	30

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	135	-
R_work	0.265	2345	-
obs	-	-	85.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1519	-0.0587	2.3527	1.8484	-1.4099	5.77	0.1477	0.1627	-0.1395	0.1322	0.0599	0.0928	0.2444	0.1669	-0.2077	-0.1428	0.0264	0.0092	-0.1201	-0.0102	-0.1311	-34.0703	-34.0703	-13.5987
2	1.5952	0.919	1.5979	2.2118	1.9351	5.4393	0.2229	-0.1117	-0.1626	0.0822	-0.0763	-0.0085	0.3893	-0.1213	-0.1467	-0.1675	0.029	0.0072	-0.1526	-0.0097	-0.114	-18.5979	-18.5979	21.8864
3	1.1675	-0.1804	0.5741	2.5559	-0.1581	3.7428	-0.0925	0.0731	0.0722	0.0589	-0.1215	-0.2332	-0.1057	0.1657	0.2141	-0.1915	-0.0354	-0.0151	-0.1047	0.0438	-0.084	-26.369	-80.268	-12.426
4	3.5878	-0.7146	2.5101	7.3172	-2.3594	4.2688	-0.1472	0.3879	-0.1035	-0.2833	-0.1416	-0.7579	-0.0755	0.69	0.2888	-0.0718	-0.0392	0.128	0.0405	-0.0031	-0.1042	-9.507	-93.551	11.277
5	2.0804	0.0111	0.6639	2.2385	-1.0905	5.2178	-0.0521	-0.0082	0.0431	0.1136	-0.0118	0.0384	-0.1859	0.2911	0.0639	-0.2077	-0.0199	-0.0028	-0.062	-0.0241	-0.15	-37.533	-75.798	-41.215
6	10.0091	1.3155	6.781	2.0694	0.8095	7.1708	-0.3418	-0.9321	0.6497	0.0352	-0.1114	0.3333	-0.5876	-0.7946	0.4531	-0.0825	0.094	-0.0151	0.005	-0.067	0.0216	-58.268	-66.959	-70.196
7	4.9185	0.5688	0.4165	2.4059	-0.7231	3.0559	-0.3418	0.2209	-0.2533	-0.2086	0.2462	-0.1335	0.2119	-0.0036	0.0956	-0.1075	-0.0404	0.0579	-0.1188	-0.0367	-0.1688	-44.827	-96.685	-44.005
8	5.0567	1.7361	1.7259	4.7074	-0.4224	2.518	0.0366	0.2106	0.3156	-0.2663	-0.0344	0.1649	0.0795	0.0597	-0.0022	-0.2102	0.0267	0.0198	-0.0883	-0.0239	-0.1412	-50.869	-80.305	-75.744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 112	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	113 - 217	113 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 112	1 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	113 - 219	113 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 112	1 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	113 - 215	113 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	1 - 112	1 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	113 - 220	113 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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