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- PDB-3d9y: Crystal Structure of Profilin from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9y
タイトルCrystal Structure of Profilin from Schizosaccharomyces pombe
要素Profilin
キーワードPROTEIN BINDING / profilin / pombe / Yeast / Actin-binding / Cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cell cortex of cell tip / : / actin cortical patch / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization ...cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cell cortex of cell tip / : / actin cortical patch / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ezezika, O.C. / Nolen, B.J. / Pollard, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Incompatibility with Formin Cdc12p Prevents Human Profilin from Substituting for Fission Yeast Profilin: INSIGHTS FROM CRYSTAL STRUCTURES OF FISSION YEAST PROFILIN.
著者: Ezezika, O.C. / Younger, N.S. / Lu, J. / Kaiser, D.A. / Corbin, Z.A. / Nolen, B.J. / Kovar, D.R. / Pollard, T.D.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0294
ポリマ－26,8452
非ポリマー1842
水4,774265
1
A: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5142
ポリマ－13,4221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5142
ポリマ－13,4221
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.533, 84.021, 40.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 24 - 30 / Label seq-ID: 25 - 31

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Two biological units in the assymetric unit

-
要素

#1: タンパク質 Profilin


分子量: 13422.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cdc3, SPAC4A8.15c / プラスミド: pMW-SpPRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21 (DE3) / 参照: UniProt: P39825
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.3 M Na Malonate; 0.2 M Hepes pH 7.0; 0.5% JeffamineED2001 [O O'-BIS (2-aminopropyl) polyethylene glycol 1900] from Hampton Research], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12731
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU 20011.54178
シンクロトロンNSLS X29A21.0809
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2006年10月2日
MARRESEARCH2CCD2007年7月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541781
21.08091
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 59358 / Num. obs: 24741 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.81 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique all: 1783 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 73.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.464 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.492
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å29.09 Å
Translation3 Å29.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACG

2acg


解像度: 1.65→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.275 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1262 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.177 ---
obs0.177 24740 84.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.225 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å2-0.85 Å2
2---1.37 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1866 0 12 265 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9712610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81634166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0455252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25723.91369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02615306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.438159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2520.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022153
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.21817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0850.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4420.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6561.51591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1411.5530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85621981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5153808
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1274.5629
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 87 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.020.05
TIGHT THERMAL0.140.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.695 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 40 -
Rwork0.247 741 -
all-781 -
obs-741 36.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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