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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d9y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Profilin from Schizosaccharomyces pombe | ||||||
要素 | Profilin | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / profilin / pombe / Yeast / Actin-binding / Cytoskeleton | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cell cortex of cell tip / sequestering of actin monomers / actin cortical patch / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization ...cytogamy / actin cortical patch organization / medial cortex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / cell cortex of cell tip / sequestering of actin monomers / actin cortical patch / mating projection tip / actin monomer binding / actin filament polymerization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell cortex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Ezezika, O.C. / Nolen, B.J. / Pollard, T.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Incompatibility with Formin Cdc12p Prevents Human Profilin from Substituting for Fission Yeast Profilin: INSIGHTS FROM CRYSTAL STRUCTURES OF FISSION YEAST PROFILIN. 著者: Ezezika, O.C. / Younger, N.S. / Lu, J. / Kaiser, D.A. / Corbin, Z.A. / Nolen, B.J. / Kovar, D.R. / Pollard, T.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3d9y.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3d9y.ent.gz | 48.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3d9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3d9y_validation.pdf.gz | 420.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3d9y_full_validation.pdf.gz | 422.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3d9y_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3d9y_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/3d9y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 24 - 30 / Label seq-ID: 25 - 31
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詳細 | Two biological units in the assymetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13422.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: cdc3, SPAC4A8.15c / プラスミド: pMW-SpPRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B21 (DE3) / 参照: UniProt: P39825 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.3 M Na Malonate; 0.2 M Hepes pH 7.0; 0.5% JeffamineED2001 [O O'-BIS (2-aminopropyl) polyethylene glycol 1900] from Hampton Research], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 59358 / Num. obs: 24741 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.81 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique all: 1783 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 73.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.464 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.492
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ACG 解像度: 1.65→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.275 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.225 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 87 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.695 Å / Total num. of bins used: 20
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