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- PDB-2acg: ACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2acg
タイトルACANTHAMOEBA CASTELLANII PROFILIN II
要素PROFILIN II
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / PROTEIN BINDING / PROFILIN / ACTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: X-ray structures of isoforms of the actin-binding protein profilin that differ in their affinity for phosphatidylinositol phosphates.
著者: Fedorov, A.A. / Magnus, K.A. / Graupe, M.H. / Lattman, E.E. / Pollard, T.D. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Cell Motil.Cytoskeleton / 年: 1991
タイトル: Analysis of Cdna Clones for Acanthamoeba Profilin-I and Profilin-II Shows End to End Homology with Vertebrate Profilins and a Small Family of Profilin Genes
著者: Pollard, T.D. / Rimm, D.L.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: The Primary Structure of the Basic Isoform of Acanthamoeba Profilin
著者: Ampe, C. / Sato, M. / Pollard, T.D. / Vanderkerckhove, J.
履歴
登録1994年8月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEET S1 DESCRIBED BELOW IS A SEVEN-STRANDED INCOMPLETE ANTIPARALLEL UP- ...SHEET THE SEVEN-STRANDED SHEET S1 DESCRIBED BELOW IS A SEVEN-STRANDED INCOMPLETE ANTIPARALLEL UP-AND-DOWN BETA BARREL. TWO STRANDS HAVE BETA-BULGES: LEU 70, ARG 71 AND TRP 29, ALA 30.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROFILIN II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9371
ポリマ－12,9371
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.535, 47.951, 34.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROFILIN II


分子量: 12937.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba castellanii (カステラーニアメーバ)
遺伝子: CDNA / 参照: UniProt: P19984
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE WAS DERIVED FROM THAT OF POLLARD AND RIMM, CELL MOTILITY AND THE CYTOSKELETON, VOL. ...THE SEQUENCE WAS DERIVED FROM THAT OF POLLARD AND RIMM, CELL MOTILITY AND THE CYTOSKELETON, VOL. 20, 169-177, 1991.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris1drop
240 mM1dropKCl
35-10 mg/mlprotein1drop
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMHEPES1reservoir
62 %PEG4001reservoir

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データ収集

反射Num. obs: 4479 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.182 -
obs0.182 4027
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数914 0 0 46 960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.8931.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5232
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5262
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.3873
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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