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万見
- PDB-3d84: Structural Analysis of a Holo Enzyme Complex of Mouse Dihydrofola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d84
タイトルStructural Analysis of a Holo Enzyme Complex of Mouse Dihydrofolate Reductase with NADPH and a Ternary Complex with the Potent and Selective Inhibitor 2.4-Diamino-6-(-2'-hydroxydibenz[b,f]azepin-5-yl)methylpteridine
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mouse DHFR holo enzyme and ternary ligand complex / NADP / One-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


folate reductase activity / Metabolism of folate and pterines / regulation of removal of superoxide radicals / dihydrofolic acid binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / tetrahydrofolate interconversion / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process ...folate reductase activity / Metabolism of folate and pterines / regulation of removal of superoxide radicals / dihydrofolic acid binding / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / tetrahydrofolate interconversion / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / response to nicotine / NADP binding / mRNA binding / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cody, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of a holoenzyme complex of mouse dihydrofolate reductase with NADPH and a ternary complex with the potent and selective inhibitor 2,4-diamino-6-(2'-hydroxydibenz[b,f] ...タイトル: Structural analysis of a holoenzyme complex of mouse dihydrofolate reductase with NADPH and a ternary complex with the potent and selective inhibitor 2,4-diamino-6-(2'-hydroxydibenz[b,f]azepin-5-yl)methylpteridine.
著者: Cody, V. / Pace, J. / Rosowsky, A.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Non-polymer description
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4334
ポリマ－21,5041
非ポリマー9303
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.226, 61.172, 43.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 21503.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: jm105 / 遺伝子: Dhfr / プラスミド: pPH70d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00375, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10 mM Hepes, pH 7.4, 17 mM Na acetate, pH 6.5, 85 mM Tris HCl, 25% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.01 Å / Num. all: 14934 / Num. obs: 13551 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 0.033
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 750 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 50.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fzj

2fzj


解像度: 1.9→23.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.432 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 684 5 %RANDOM
Rwork0.18684 ---
all0.21 13551 --
obs0.18902 12865 90.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.018 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 60 83 1656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0632.0282194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4835187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37424.24773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.71915293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9531511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1440.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0961.5969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81421526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7673757
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.114.5668
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 28 -
Rwork0.253 502 -
obs--48.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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