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- PDB-3d2s: Crystal structure of MBNL1 tandem zinc finger 3 and 4 domain in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d2s
タイトルCrystal structure of MBNL1 tandem zinc finger 3 and 4 domain in complex with CGCUGU RNA
要素
  • 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
  • Muscleblind-like protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/RNA / tandem zinc finger domain / RNA / Metal-binding / Nucleus / RNA-binding / Zinc-finger / METAL BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory region RNA binding / myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / double-stranded RNA binding / nervous system development / in utero embryonic development ...regulatory region RNA binding / myoblast differentiation / embryonic limb morphogenesis / regulation of RNA splicing / RNA splicing / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / double-stranded RNA binding / nervous system development / in utero embryonic development / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #210 / : / ZAP-like CCCH zinc finger / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Muscleblind-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Teplova, M. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into RNA recognition by the alternative-splicing regulator muscleblind-like MBNL1.
著者: Teplova, M. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
F: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
G: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
H: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
A: Muscleblind-like protein 1
B: Muscleblind-like protein 1
C: Muscleblind-like protein 1
D: Muscleblind-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,67316
ポリマ－40,1498
非ポリマー5238
水7,242402
1
E: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'

F: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'

E: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
A: Muscleblind-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9046
ポリマ－13,7744
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
B: Muscleblind-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1684
ポリマ－10,0372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'

H: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'

G: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
C: Muscleblind-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9046
ポリマ－13,7744
非ポリマー1312
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
4
H: 5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'
D: Muscleblind-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1684
ポリマ－10,0372
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.421, 56.899, 58.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*CP*GP*CP*UP*GP*U)-3'


分子量: 1868.149 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized RNA oligonucleotide / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
Muscleblind-like protein 1 / Triplet-expansion RNA-binding protein


分子量: 8169.182 Da / 分子数: 4
Fragment: tandem zinc finger 3 and 4 domains (UNP residues 178-246)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBNL1, EXP, KIAA0428, MBNL / プラスミド: Pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9NR56
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2Bis-Tris11
3H2O11
4PEG 335012
5Bis-Tris12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 38651 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3846 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MBNL1 ZnF3/4 structure

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.62 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25984 1935 5 %RANDOM
Rwork0.22448 ---
obs0.2263 36684 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.101 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20.37 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 364 8 402 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6312.1193625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2933.0114155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1085266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67422.923130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.271530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.22085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21349
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.190.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.30.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1881.51397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2331.5536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84522172
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2731525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4544.51453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.698→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 136 -
Rwork0.278 2642 -
obs--99.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.995 Å / Origin y: 3.97 Å / Origin z: 13.604 Å
111213212223313233
T0.0442 Å20.0119 Å20.0021 Å2--0.104 Å20.0025 Å2---0.1119 Å2
L0.9481 °20.0271 °2-0.0555 °2-0.3509 °20.0411 °2--0.9276 °2
S-0.0124 Å °0.0499 Å °0.0141 Å °0.0267 Å °0.0019 Å °-0.021 Å °-0.0669 Å °0.0929 Å °0.0105 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A179 - 245
2X-RAY DIFFRACTION1B178 - 245
3X-RAY DIFFRACTION1C179 - 245
4X-RAY DIFFRACTION1D178 - 245
5X-RAY DIFFRACTION1E1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1F1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION1G1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1H1 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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