ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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PHASER | | 位相決定 | | d*TREK | 7.1SSIデータスケーリング | | CNS | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 2 | データ抽出 | | CrystalClear | | データ収集 | | d*TREK | | データ削減 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1OSP 解像度: 1.8→20.02 Å / FOM work R set: 0.807 / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.264 | 2028 | 5 % |
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Rwork | 0.219 | - | - |
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obs | - | 40345 | 98.8 % |
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溶媒の処理 | Bsol: 57.672 Å2 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.559 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.537 Å2 | 0 Å2 | -3.342 Å2 |
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2- | - | -2.733 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.196 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20.02 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3243 | 0 | 0 | 437 | 3680 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.009 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_d1.52 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.402 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.198 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.112 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.157 | 2.5 | | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 40 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection obs |
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1.8-1.82 | 0.455 | 62 | 0.426 | 883 | 945 | 1.82-1.83 | 0.438 | 43 | 0.395 | 969 | 1012 | 1.83-1.85 | 0.421 | 44 | 0.396 | 948 | 992 | 1.85-1.86 | 0.42 | 52 | 0.395 | 970 | 1022 | 1.86-1.88 | 0.459 | 55 | 0.373 | 948 | 1003 | 1.88-1.9 | 0.457 | 51 | 0.353 | 982 | 1033 | 1.9-1.92 | 0.36 | 52 | 0.346 | 928 | 980 | 1.92-1.94 | 0.432 | 51 | 0.323 | 970 | 1021 | 1.94-1.96 | 0.355 | 47 | 0.31 | 989 | 1036 | 1.96-1.98 | 0.314 | 57 | 0.284 | 945 | 1002 | 1.98-2 | 0.375 | 53 | 0.272 | 978 | 1031 | 2-2.03 | 0.319 | 47 | 0.264 | 943 | 990 | 2.03-2.05 | 0.265 | 52 | 0.246 | 972 | 1024 | 2.05-2.08 | 0.264 | 50 | 0.252 | 972 | 1022 | 2.08-2.11 | 0.263 | 57 | 0.243 | 956 | 1013 | 2.11-2.13 | 0.272 | 54 | 0.228 | 938 | 992 | 2.13-2.16 | 0.275 | 55 | 0.225 | 972 | 1027 | 2.16-2.2 | 0.292 | 51 | 0.222 | 959 | 1010 | 2.2-2.23 | 0.219 | 55 | 0.21 | 979 | 1034 | 2.23-2.27 | 0.272 | 40 | 0.234 | 950 | 990 | 2.27-2.31 | 0.295 | 48 | 0.233 | 982 | 1030 | 2.31-2.35 | 0.347 | 62 | 0.256 | 955 | 1017 | 2.35-2.39 | 0.409 | 45 | 0.248 | 967 | 1012 | 2.39-2.44 | 0.31 | 49 | 0.24 | 953 | 1002 | 2.44-2.5 | 0.282 | 54 | 0.244 | 950 | 1004 | 2.5-2.55 | 0.272 | 43 | 0.243 | 964 | 1007 | 2.55-2.62 | 0.28 | 43 | 0.222 | 977 | 1020 | 2.62-2.69 | 0.289 | 53 | 0.219 | 949 | 1002 | 2.69-2.77 | 0.221 | 40 | 0.205 | 994 | 1034 | 2.77-2.86 | 0.22 | 41 | 0.179 | 947 | 988 | 2.86-2.96 | 0.244 | 44 | 0.181 | 963 | 1007 | 2.96-3.08 | 0.248 | 35 | 0.209 | 970 | 1005 | 3.08-3.22 | 0.282 | 68 | 0.206 | 933 | 1001 | 3.22-3.39 | 0.237 | 57 | 0.203 | 953 | 1010 | 3.39-3.6 | 0.287 | 65 | 0.201 | 942 | 1007 | 3.6-3.88 | 0.252 | 55 | 0.197 | 953 | 1008 | 3.88-4.27 | 0.205 | 52 | 0.167 | 948 | 1000 | 4.27-4.88 | 0.147 | 46 | 0.147 | 964 | 1010 | 4.88-6.15 | 0.237 | 49 | 0.192 | 968 | 1017 | 6.15-50 | 0.193 | 51 | 0.218 | 934 | 985 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | dna-rna_rep.param | dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.top | | | | | |
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