+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cvi | ||||||
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Title | How TCR-like antibody recognizes MHC-bound peptide | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / FAB | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Mareeva, T. / Martinez-Hackert, E. / Sykulev, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2008 Title: How a T cell receptor-like antibody recognizes major histocompatibility complex-bound peptide Authors: Mareeva, T. / Martinez-Hackert, E. / Sykulev, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cvi.cif.gz | 105.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3cvi.ent.gz | 78.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cvi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3cvi_validation.pdf.gz | 430.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3cvi_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | Display | |
Data in XML | 3cvi_validation.xml.gz | 22.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3cvi_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/3cvi | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3cvhC 1ospS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23534.496 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
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#2: Antibody | Mass: 23101.502 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaOAc, pH 4.6 containing 25% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 10, 2005 / Details: MSC Blue Confocal optics | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→20.02 Å / Num. obs: 40448 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.06 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 4.5 / Scaling rejects: 1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1OSP Resolution: 1.8→20.02 Å / FOM work R set: 0.807 / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 57.672 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.559 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→20.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 40
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Xplor file |
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