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- PDB-3cna: STRUCTURE OF CONCANAVALIN A AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cna
タイトルSTRUCTURE OF CONCANAVALIN A AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素CONCANAVALIN A
キーワードLECTIN (AGGLUTININ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hardman, K.D. / Ainsworth, C.F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1972
タイトル: Structure of concanavalin A at 2.4-A resolution.
著者: Hardman, K.D. / Ainsworth, C.F.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1976
タイトル: Structure of the Concanavalin A-Methyl-Alpha-D-Mannopyranoside Complex at 6.0 Angstroms Resolution
著者: Hardman, K.D. / Ainsworth, C.F.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1973
タイトル: Binding of Nonpolar Molecules by Crystalline Concanavalin A
著者: Hardman, K.D. / Ainsworth, C.F.
#3: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1973
タイトル: Crystallography of a Metal-Containing Protein, Concanavalin A
著者: Hardman, K.D.
#4: ジャーナル: Atlas of Macromolecular Structure on Microfiche
年: 1976
#5: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure,Supplement 2
年: 1976
履歴
登録1976年9月15日処理サイト: BNL
改定 1.01976年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6913
ポリマ－25,5961
非ポリマー952
水724
1
A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,76512
ポリマ－102,3854
非ポリマー3808
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.150, 86.910, 89.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: THESE RESIDUES (187-190) ARE ORDERED IN THIS COORDINATE SET TO REFLECT BEST AGREEMENT WITH THE ELECTRON DENSITY. THIS REGION WAS AMBIGUOUS IN THE CHEMICAL DETERMINATION OF THE PRIMARY STRUCTURE.

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要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN A


分子量: 25596.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: batch method
詳細: referred to 'Hardman, K.D.', (1971) Proc.Nat.Acad.Sci.U.S., 64. 1393-1397
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mM11MnCl2
210 mM11CaCl2
34 Msodium phosphate12

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 10000 / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 90000

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解析

精密化最高解像度: 2.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1807 0 2 4 1813
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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