PDB-3cjq: Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cjq

タイトル

Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with dimethylated ribosomal protein L11 in space group P212121

要素

50S ribosomal protein L11
Ribosomal protein L11 methyltransferase

キーワード

Transferase/Ribosomal protein / S-Adenosyl-L-Methionine dependent methyltransferase / post-translational modification / multi-specific trimethylation / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Transferase-Ribosomal protein COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-lysine N-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / large ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Multiple-Site Trimethylation of Ribosomal Protein L11 by the PrmA Methyltransferase.
著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

履歴

登録	2008年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cjq.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cjq.ent.gz	184.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cjq_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cjq_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3cjq_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	3cjq_validation.cif.gz	69.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cjrC 3cjsC 3cjtC 3egvC 2nxcS 2nxnS 1ufk 2nxe 2nxj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oxt-2 1oxx-d 1oxt-3 5jui-1 1oxu-3 1oxv-2 4kbr-12 1oxt-1 4bnd-1 2oqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (3) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (3)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (3)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

B: 50S ribosomal protein L11

D: Ribosomal protein L11 methyltransferase

E: 50S ribosomal protein L11

G: Ribosomal protein L11 methyltransferase

H: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

131 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

B: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Ribosomal protein L11 methyltransferase

E: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: Ribosomal protein L11 methyltransferase

H: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.526, 164.976, 180.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	G
4	1	A
5	1	D
6	1	G
1	2	B
2	2	E
3	2	H
4	2	B
5	2	E
6	2	H

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID	End label seq-ID
1	1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 54	1 - 54
2	1	1	MET	MET	VAL	VAL	D	C	1 - 54	1 - 54
3	1	1	MET	MET	VAL	VAL	G	E	1 - 54	1 - 54
4	2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	A	A	67 - 254	67 - 254
5	2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	D	C	67 - 254	67 - 254
6	2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	G	E	67 - 254	67 - 254
1	1	2	2MM	2MM	LYS	LYS	B	I - B	1 - 70		69
2	1	2	2MM	2MM	LYS	LYS	E	K - D	1 - 70		69
3	1	2	2MM	2MM	LYS	LYS	H	N - F	1 - 70		69
4	2	2	PRO	PRO	SER	SER	B	B	73 - 130	72 - 129
5	2	2	PRO	PRO	SER	SER	E	D	73 - 130	72 - 129
6	2	2	PRO	PRO	SER	SER	H	F	73 - 130	72 - 129

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

#1: タンパク質	Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase 分子量: 27661.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Star 参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	50S ribosomal protein L11 分子量: 15336.812 Da / 分子数: 3 / Mutation: K39A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: rplK, rpl11 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) prmA::TC / 参照: UniProt: P36238

#1: タンパク質

Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase

分子量: 27661.807 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Star
参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: タンパク質

50S ribosomal protein L11

分子量: 15336.812 Da / 分子数: 3 / Mutation: K39A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rplK, rpl11 / プラスミド: pET11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) prmA::TC / 参照: UniProt: P36238

-
非ポリマー , 4種, 249分子

#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-2MM / N,N-dimethyl-L-methionine / N,N-ジメチルメチオニン分子量: 177.264 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₂S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 10% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol, pH 7.5, microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月15日詳細: Variable vertical and fixed horizontal slits. KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit ...詳細: Variable vertical and fixed horizontal slits. KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic rejection. One of the mirrors is rhodium coated and the other is uncoated. Located ~19.7 m from source.
放射	モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m ...モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 45471 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / Num. unique all: 4188 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 2NXC, 2NXN

2nxc

2nxn

解像度: 2.7→29.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 22.053 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27119	2207	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20162	-	-	-
obs	0.20507	40969	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8442	0	110	241	8793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	8770
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.107	1.992	11953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.966	5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.867	22.857	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.204	15	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.967	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	3766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.274	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.054	1.5	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.653	2	8869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	3	3556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.025	4.5	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1836	medium positional	0.46	0.5
1	2	D	1836	medium positional	0.43	0.5
1	3	G	1836	medium positional	0.48	0.5
2	1	B	761	medium positional	0.82	0.5
2	2	E	761	medium positional	1.25	0.5
2	3	H	761	medium positional	0.93	0.5
1	1	A	1836	medium thermal	1.21	2
1	2	D	1836	medium thermal	1.43	2
1	3	G	1836	medium thermal	1.25	2
2	1	B	761	medium thermal	0.84	2
2	2	E	761	medium thermal	1.04	2
2	3	H	761	medium thermal	0.99	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	173	-
R_work	0.283	2895	-
obs	-	2895	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6124	-3.0564	-0.4886	11.3677	0.6459	5.4036	0.2964	0.346	-0.0709	-0.8441	-0.3844	0.0321	-0.1591	-0.0277	0.0881	-0.1101	0.1124	0.0172	-0.5106	-0.0019	-0.1281	0.2222	54.7282	-64.5372
2	3.1546	-0.5704	0.5602	2.4319	-0.491	2.1555	0.1034	-0.1227	0.3047	0.0292	-0.0909	-0.0849	-0.2354	0.2097	-0.0125	-0.1005	-0.0187	0.076	-0.2248	-0.0178	-0.0196	21.8885	18.6076	-51.7182
3	6.5684	-4.1414	-1.0779	8.8621	0.299	3.7452	0.3003	0.0057	-0.2216	0.0535	-0.1984	0.6126	-0.1526	-0.2828	-0.1018	-0.0139	0.0354	0.0733	-0.4727	0.0689	-0.0112	4.1345	38.1067	-59.1252
4	11.1663	-2.5197	14.7436	6.4375	-1.5976	19.9765	0.46	-0.2222	-1.1063	1.0785	0.2544	1.1018	1.1999	0.6106	-0.7145	0.2984	-0.2468	0.1954	0.1216	0.1434	0.3254	-13.4401	51.899	-39.7264
5	5.2795	-0.0295	-2.4156	5.5488	2.4208	7.0062	-0.3193	-0.6071	-0.6076	0.2438	0.1301	0.0551	1.035	-0.2331	0.1892	-0.1061	-0.0656	0.0576	0.1954	0.1846	-0.4564	-15.7604	-11.2594	1.3683
6	2.6935	0.1022	-0.3516	1.9948	0.2431	2.9271	0.0936	-0.188	-0.1807	0.0793	-0.0888	-0.2058	0.0417	-0.0204	-0.0048	-0.1317	-0.0152	0.0406	-0.1635	0.0709	-0.1193	4.8789	-3.8598	-36.8004
7	3.6574	1.196	-2.8836	2.4834	-1.256	7.1728	0.0419	-0.1929	-0.014	0.0037	0.0118	0.1558	0.5565	-0.6959	-0.0537	-0.0986	-0.1038	-0.0088	0.0115	0.0661	-0.4391	-12.8219	-7.59	-15.9091
8	1.9126	-4.4913	-3.3527	19.0824	-2.4663	18.4009	0.3465	-0.0108	-0.6691	0.105	0.102	0.0159	1.5698	1.2637	-0.4485	0.2808	-0.1811	0.0885	0.1521	-0.0392	0.2742	-26.45	-32.5932	-8.2362
9	2.4512	0.5643	-0.4347	1.0876	2.1208	5.2276	-0.0406	0.6465	-0.8828	-0.5321	0.2715	0.332	0.8634	-0.424	-0.2309	0.5074	-0.165	-0.2459	0.4256	-0.4741	0.5762	18.6744	-34.6101	-89.7608
10	3.172	-0.2013	0.0861	2.9932	0.271	2.6366	0.0413	0.4216	-0.2598	-0.0634	-0.041	0.2284	0.1376	0.0742	-0.0004	-0.1752	0.0065	0.0121	-0.0518	-0.1153	-0.146	39.3182	-5.4669	-63.7361
11	3.4466	-0.3382	1.81	2.0958	-0.5919	6.4028	0.1827	0.4987	-0.5801	-0.4181	0.1198	0.4342	0.3952	-0.7596	-0.3024	0.0618	-0.1271	-0.1414	0.0792	-0.3605	0.2495	21.8037	-21.6205	-77.6064
12	3.3647	1.1247	1.5998	3.3522	0.6788	0.7676	0.0707	-0.3081	0.4431	0.3843	-0.0227	0.1949	0.1105	-0.0941	-0.0481	1.3196	-0.0397	0.0667	1.1863	0.0844	1.0958	4.7877	-11.4241	-100.1629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 54	1 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	67 - 254	67 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2 - 70	1 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	99 - 140	98 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	C	1 - 54	1 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	C	67 - 254	67 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	D	2 - 70	1 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	D	99 - 140	98 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	E	1 - 54	1 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	E	67 - 254	67 - 254
11	X-RAY DIFFRACTION	11	H	F	2 - 70	1 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	F	99 - 140	98 - 139

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

-
非ポリマー , 4種, 249分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

-非ポリマー , 4種, 249分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ADGBEH

-
非ポリマー , 4種, 249分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)