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- PDB-3cep: Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cep
タイトルStructure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / CARBON-OXYGEN LYASE / TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / Allosteric enzyme / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / INDOLINE / 3-hydroxy-2-iminopropanoic acid / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Domratcheva, T. / Kulik, V. / Blumenstein, L. / Dunn, M.F. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2008
タイトル: Structure and mechanistic implications of a tryptophan synthase quinonoid intermediate.
著者: Barends, T.R. / Domratcheva, T. / Kulik, V. / Blumenstein, L. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Schlichting, I.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22014年12月17日Group: Experimental preparation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,64610
ポリマ－71,4862
非ポリマー1,1598
水5,008278
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,29220
ポリマ－142,9734
非ポリマー2,31916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area13670 Å2
ΔGint-289.3 kcal/mol
Surface area40770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.024, 58.908, 67.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA / プラスミド: pSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42787.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / プラスミド: pSTB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

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非ポリマー , 6種, 286分子

#3: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#4: 化合物 ChemComp-IDM / INDOLINE / インドリン


分子量: 119.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N
#5: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 化合物 ChemComp-MH6 / 3-hydroxy-2-iminopropanoic acid


タイプ: peptide linking / 分子量: 103.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS IS AN INADVERTENT MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50mM bicine (pH 7.8), 1mM EDTA, 5mM dithioerythritol, 0.02mM pyridoxal phosphate solution, 2mM spermine, and 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月25日
詳細: double-crystal monochromator Si(111), beam focused by a toroidal mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24 Å / Num. all: 41128 / Num. obs: 41128 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5293 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1QOP

1qop


解像度: 2.1→23.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 5.466 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23843 2017 4.9 %RANDOM
Rwork0.19798 ---
all0.19997 39110 --
obs0.19997 39110 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å20 Å2-0.02 Å2
2--3.09 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4936 0 52 278 5266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9816900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5265657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18524.206214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36815814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8041531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.22700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23532
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2220.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.53274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73425212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18931812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0144.51688
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 138 -
Rwork0.26 2833 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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