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万見
- PDB-3cc5: H-2Db complex with human gp100 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cc5
タイトルH-2Db complex with human gp100
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17
キーワードIMMUNE SYSTEM / murine MHC / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Immunoglobulin domain / Secreted / Melanin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / melanosome / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...PKD- and KLD-Associated Transmembrane / PKAT, KLD domain / PKAT, KLD domain / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Melanocyte protein PMEL
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Badia-Martinez, D. / Achour, A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Design of agonistic altered peptides for the robust induction of CTL directed towards H-2Db in complex with the melanoma-associated epitope gp100.
著者: van Stipdonk, M.J. / Badia-Martinez, D. / Sluijter, M. / Offringa, R. / van Hall, T. / Achour, A.
履歴
登録2008年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,74015
ポリマ－89,8996
非ポリマー8419
水10,935607
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4188
ポリマ－44,9493
非ポリマー4685
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3227
ポリマ－44,9493
非ポリマー3724
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.200, 165.400, 161.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31A
41D
51A
61D
12A
22D
32A
42D
52A
62D
72A
82D
13B
23E
14C
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISVALVAL1AA3 - 343 - 34
211HISHISVALVAL1DD3 - 343 - 34
321PHEPHELEULEU1AA36 - 7836 - 78
421PHEPHELEULEU1DD36 - 7836 - 78
531ASNASNGLYGLY1AA80 - 17580 - 175
631ASNASNGLYGLY1DD80 - 17580 - 175
112THRTHRPROPRO1AA182 - 193182 - 193
212THRTHRPROPRO1DD182 - 193182 - 193
322METMETPROPRO1AA228 - 276228 - 276
422METMETPROPRO1DD228 - 276228 - 276
532GLUGLUASPASP2AA223 - 227223 - 227
632GLUGLUASPASP2DD223 - 227223 - 227
742SERSERGLUGLU1AA195 - 222195 - 222
842SERSERGLUGLU1DD195 - 222195 - 222
113LYSLYSMETMET1BB3 - 993 - 99
213LYSLYSMETMET1EE3 - 993 - 99
114LYSLYSLEULEU1CC1 - 91 - 9
214LYSLYSLEULEU1FF1 - 91 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2DB


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular part, UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド nonameric peptide from Melanocyte protein Pmel 17 / Silver locus protein homolog / Melanocyte lineage-specific antigen GP100 / Melanoma-associated ME20 ...Silver locus protein homolog / Melanocyte lineage-specific antigen GP100 / Melanoma-associated ME20 antigen / ME20M / ME20-M


分子量: 1157.321 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular part, UNP residues 25-33 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 参照: UniProt: P40967

-
非ポリマー , 3種, 616分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 6000, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→24.82 Å / Num. all: 71103 / Num. obs: 66186 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.91→2 Å / % possible all: 65.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N5A

1n5a


解像度: 1.91→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.688 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2683 3432 5 %RANDOM
Rwork0.22762 ---
all0.2351 66190 --
obs0.22972 64542 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6336 0 51 607 6994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0216574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9448924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65123.626342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.717151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1191550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.32930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.54448
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.16923935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82236208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15723089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.77632716
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1420tight positional0.040.05
2A733tight positional0.040.05
3B804tight positional0.040.05
4C82tight positional0.030.05
2A21medium positional0.420.5
1A1420tight thermal0.150.5
2A733tight thermal0.130.5
3B804tight thermal0.130.5
4C82tight thermal0.150.5
2A21medium thermal0.262
LS精密化 シェル解像度: 1.912→1.961 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 193 -
Rwork0.277 3759 -
obs--77.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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