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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c5z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse MHC class II I-Ab/3K peptide complexed with mouse TCR B3K506 | ||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TCR-pMHC complex / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC II / Transmembrane / SUGAR BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / early endosome / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, S. / Kappler, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crossreactive T Cells spotlight the germline rules for alphabeta T cell-receptor interactions with MHC molecules. 著者: Dai, S. / Huseby, E.S. / Rubtsova, K. / Scott-Browne, J. / Crawford, F. / Macdonald, W.A. / Marrack, P. / Kappler, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 329.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 275.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22465.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: The mouse Va and Vb of B3K506 TCRs fused to human Ca and Cb プラスミド: PET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 26956.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: The mouse Va and Vb of B3K506 TCRs fused to human Ca and Cb プラスミド: PET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 20597.957 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 27-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P14434 #4: タンパク質 | 分子量: 24938.830 Da / 分子数: 2 Fragment: Fusion protein of ealpha 3K peptide residues 1-13, linker 14-28 and MHC class II Ab UNP residues 30-218 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P14483 #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | BASED ON RELATED ENTRY 1LNU,TWO SEPARATE SEQUENCES, AN EALPHA3KPEPTIDE(1-13) AND LINKER(14-28), ...BASED ON RELATED ENTRY 1LNU,TWO SEPARATE SEQUENCES, AN EALPHA3KPEPTIDE(1-13) AND LINKER(14-28), WHICH START FROM RESIDUE 1 TO RESIDUE 28 WERE ADDED TO THE N-TERMINUS OF THE BETACHAIN OF THE CLASS II MHC IAB OF CHAINS D AND H | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 12% PEG 4000 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97243 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 57142 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3558 / % possible all: 54 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.549 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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