+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c5s | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of monoclonal Fab F22-4 specific for Shigella flexneri 2a O-Ag | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / O-Antigen / LPS / Shigella flexneri | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saul, F.A. / Vulliez-le-Normand, B. / Bentley, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of synthetic O-antigen fragments from serotype 2a Shigella flexneri in complex with a protective monoclonal antibody 著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Phalipon, A. / Belot, F. / Guerreiro, C. / Mulard, L.A. / Bentley, G.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: 抗体 | 分子量: 24141.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23634.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE DATABASE FOR CHAINS A,C RESIDUES 1-107 IS CAH04481.2, AND FOR CHAINS B,D RESIDUES 1- ...THE SEQUENCE DATABASE FOR CHAINS A,C RESIDUES 1-107 IS CAH04481.2, AND FOR CHAINS B,D RESIDUES 1-113 IS CAH04480.1. RESIDUE NUMBERING OF ANTIBODY VARIABLE REGIONS FOLLOWS THE KABAT CONVENTION | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 24% PEG 2000 MME, 190mM MgCl2, 50mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日 / 詳細: bent mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220), sagitally focusing Ge(220), multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→72.36 Å / Num. all: 50673 / Num. obs: 50673 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 7292 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 94.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: VL/VH dimer: pdb entry 1ejo residues 2002L-2109L; pdb entry 1aj4 residues 1H-99H; CL/CH dimer: pdb entry 1f11 residues 108A-211A and 114B-227B. 解像度: 2→72.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 5.549 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.559 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→72.36 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.026 Å / Total num. of bins used: 40
|