PDB-3c3w: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Respo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c3w

タイトル

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Response Regulator DosR

要素

TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

キーワード

TRANSCRIPTION / RESPONSE REGULATOR / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / DNA-BINDING PROTEIN / TUBERCULOSIS / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell endosome lumen / dormancy process / host cell cytoplasmic vesicle / phosphorelay signal transduction system / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the response regulator DosR from Mycobacterium tuberculosis suggest a helix rearrangement mechanism for phosphorylation activation
著者: Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.

履歴

登録	2008年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	3c3w.cif.gz	91.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c3w.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3c3w_full_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示
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CIF形式データ	3c3w_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/3c3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c57C 1zlj 1zlk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i1p-1 3etb-1 3etb-2 6tp3-1 6tur-1 5lx6-d 3qtn-d 1d0m-d 4m62-4 6xaa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

B: TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.107, 98.080, 53.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: A B)
NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: 2

Component-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ARG	ARG	A	A	1 - 211	1 - 211
2	SER	SER	B	B	1 - 210	1 - 210

#1: タンパク質	TWO COMPONENT TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN DEVR / PROBABLY LUXR/UHPA-FAMILY / DevR / DNA-binding response regulator / LuxR family 分子量: 24396.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: devR / プラスミド: pET21-d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P95193, UniProt: P9WMF9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: 2 microlitres of protein, 2 microlitres of 10% glycerol, 1 microlitres of manganese chloride, 1 microlitres of precipitant (0.5M lithium sulfate and 0.1M citric acid pH 3.0), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 2 microlitres of protein, 2 microlitres of 10% glycerol, 1 microlitres of manganese chloride, 1 microlitres of precipitant (0.5M lithium sulfate and 0.1M citric acid pH 3.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.53 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3
詳細: 2 microlitres of protein, 2 microlitres of 10% glycerol, 1 microlitres of manganese chloride, 1 microlitres of precipitant (0.5M lithium sulfate and 0.1M citric acid pH 3.0), VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 22915 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.39 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.397 / % possible all: 64.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: INITIAL MODEL FROM MAD EXPERIMENT

解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 12.975 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24876	1172	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18575	-	-	-
obs	0.1888	21670	90.12 %	-
all	-	22842	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.33 Å²	0 Å²	1.17 Å²
2-	-	-3.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3144	0	5	91	3240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	2.011	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.953	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.738	23.175	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.099	15	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.807	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.158	3	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.938	4	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.428	4	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.584	5	974
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	839	medium positional	0.09	0.5
B	716	loose positional	0.45	5
A	839	medium thermal	0.5	2
B	716	loose thermal	0.64	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.255 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	52	-
R_work	0.251	1091	-
obs	-	1143	61.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3249	-0.468	-0.1178	2.8088	-0.8466	3.3304	0.1203	0.1389	0.1123	-0.4303	-0.1224	-0.041	0.0216	0.0661	0.0021	0.1248	0.0462	0.0452	-0.0356	-0.0022	-0.0416	-2.3719	36.2834	45.2048
2	1.0197	-0.1628	0.2023	0.0648	-0.51	5.9242	0.0546	-0.185	0.0124	-0.071	0.1005	0.494	-0.2871	0.7186	-0.155	0.1784	0.0392	0.1932	0.098	-0.0374	-0.0934	2.4935	37.8864	78.2578
3	3.7148	-2.8769	4.0924	8.154	-8.1181	12.7634	0.1624	0.1731	0.0018	0.3365	0.0422	0.1383	-0.1684	0.0892	-0.2046	0.0111	0.0177	0.0528	0.0504	-0.0351	0.0277	-10.7382	44.2158	47.9398
4	1.6756	0.43	-1.6087	2.8311	-0.5444	4.1443	-0.1389	-0.4419	-0.0752	0.5558	0.0198	-0.4192	-0.0637	0.7678	0.1191	0.1329	0.0077	-0.1159	0.1276	-0.0146	0.0211	9.093	45.238	48.7466
5	0.2382	1.2995	-0.8578	8.1358	-3.2421	6.3969	-0.0241	0.0414	0.1084	-0.4543	0.3308	0.4981	-0.6405	-0.2211	-0.3067	0.295	0.0501	-0.0628	-0.0349	-0.0098	-0.0395	-2.0592	54.9651	45.0958
6	4.5391	3.4509	-0.5346	2.6763	0.3252	10.2063	0.2535	-0.4145	0.5691	0.1519	-0.2443	-0.4205	-0.7256	-0.0241	-0.0093	0.2669	0.0016	-0.0024	0.0615	-0.027	-0.0511	2.1533	38.8416	65.5273
7	0.8561	0.5892	-0.9377	3.2944	-1.2712	3.6866	0.0039	-0.1213	-0.0592	0.6007	-0.0906	0.0148	0.0239	0.0448	0.0868	0.1541	-0.0639	0.0447	-0.0135	-0.0074	-0.0514	-3.2792	58.5105	38.991
8	1.6785	-0.2722	-3.7608	2.7752	-0.4902	9.4412	-0.0759	-0.4289	0.2344	-1.0799	0.0342	0.0677	1.0799	0.7568	0.0417	0.5967	0.0447	0.0411	-0.0196	0.0405	-0.1063	7.4856	59.6393	5.5954
9	4.1558	5.4616	-4.458	12.0566	-10.9713	12.974	0.1915	-0.3241	-0.1734	-0.1175	-0.4861	-0.0865	0.0587	0.5756	0.2946	0.024	-0.0012	0.0255	0.0838	-0.0078	-0.0106	-7.7821	54.0647	31.9682
10	1.8939	-0.356	1.1303	2.84	-0.3639	4.2965	-0.091	0.2416	0.0404	-0.0236	0.0571	-0.7075	-0.2597	0.7357	0.0339	0.123	-0.0927	0.0434	0.0622	-0.0512	0.1345	11.031	53.6261	35.5014
11	0.3947	-0.8265	0.5364	6.8141	-2.4174	5.9399	-0.0694	-0.0944	-0.0985	0.2606	0.3116	0.5548	0.402	-0.3896	-0.2422	0.1478	-0.087	0.0745	-0.012	-0.0077	-0.0189	-3.2917	44.5765	34.2351
12	2.2166	-1.632	1.8654	10.6889	0.27	10.318	0.3253	0.2143	-0.2252	-0.0841	-0.1577	0.1347	0.6671	0.3019	-0.1676	0.1239	-0.0331	0.0794	0.0176	-0.0267	-0.0093	6.0437	60.0047	15.6096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 72	1 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	73 - 97	73 - 97
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	98 - 121	98 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	122 - 166	122 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	167 - 195	167 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	196 - 211	196 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	1 - 72	1 - 72
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	73 - 97	73 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	98 - 121	98 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	122 - 166	122 - 166
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	167 - 195	167 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	196 - 210	196 - 210

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