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- PDB-4i1p: Human MALT1 (caspase-IG3) in complex with activity based-probe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1p
タイトルHuman MALT1 (caspase-IG3) in complex with activity based-probe
要素
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
  • tetrapeptide
キーワードHYDROLASE / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-1 beta production / Activation of NF-kappaB in B cells / defense response / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / fibrillar center / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. ...Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Schlauderer, F. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Activity-Based Probes for Detection of Active MALT1 Paracaspase in Immune Cells and Lymphomas.
著者: Eitelhuber, A.C. / Vosyka, O. / Nagel, D. / Bognar, M. / Lenze, D. / Lammens, K. / Schlauderer, F. / Hlahla, D. / Hopfner, K.P. / Lenz, G. / Hummel, M. / Verhelst, S.H. / Krappmann, D.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: tetrapeptide
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
D: tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,47014
ポリマ－89,8794
非ポリマー59010
水2,090116
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2357
ポリマ－44,9402
非ポリマー2955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
2
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
D: tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2357
ポリマ－44,9402
非ポリマー2955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
3
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: tetrapeptide
ヘテロ分子

C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
D: tetrapeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,47014
ポリマ－89,8794
非ポリマー59010
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area6830 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.243, 53.482, 78.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 44189.820 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 339-719 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質・ペプチド tetrapeptide


分子量: 749.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic production of tetrapeptide
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細4AR IS AMINO({(4S)-4-AMINO-6-[(2,6-DIMETHYLBENZOYL)OXY]-5-OXOHEXYL}AMINO)METHANIMINIUM. IN THIS ...4AR IS AMINO({(4S)-4-AMINO-6-[(2,6-DIMETHYLBENZOYL)OXY]-5-OXOHEXYL}AMINO)METHANIMINIUM. IN THIS STRUCTURE, 2,6-DIMETHYLBENZOIC ACID GROUP LEFT 4AR AND PEPTIDE IS BOUND COVALENTLY TO PROTEIN VIA C7 ATOM OF 4AR TO SG ATOM OF THE CYS 464 OF THE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 mM Mes, 75 mM calcium acetate, 10 % benzamidine hypochloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44 Å / Num. obs: 27391 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 69.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.403→43.939 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1368 5 %
Rwork0.1984 --
obs0.2007 27345 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→43.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6100 0 40 116 6256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3078414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1082350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.403-2.48870.39031060.29612003X-RAY DIFFRACTION75
2.4887-2.58830.321270.29212405X-RAY DIFFRACTION90
2.5883-2.70610.35761400.26462670X-RAY DIFFRACTION99
2.7061-2.84870.30271390.25272677X-RAY DIFFRACTION100
2.8487-3.02720.33321420.24972679X-RAY DIFFRACTION99
3.0272-3.26080.29211410.23272676X-RAY DIFFRACTION100
3.2608-3.58880.24741430.20052703X-RAY DIFFRACTION100
3.5888-4.10780.23171410.17722689X-RAY DIFFRACTION100
4.1078-5.17410.19911420.16182700X-RAY DIFFRACTION99
5.1741-43.94650.20461470.17822775X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.9092 Å / Origin y: 7.8451 Å / Origin z: 18.4691 Å
111213212223313233
T0.4857 Å20.0092 Å2-0.1254 Å2-0.4336 Å2-0.0602 Å2--0.4983 Å2
L0.3771 °20.0052 °2-0.1333 °2-0.3731 °2-0.4012 °2--0.7997 °2
S-0.0174 Å °0.0741 Å °0.0058 Å °-0.1049 Å °0.0657 Å °0.129 Å °0.0579 Å °-0.15 Å °-0.0587 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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