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- PDB-1zlj: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Respo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zlj
タイトルCrystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hypoxic Response Regulator DosR C-terminal Domain
要素Dormancy Survival Regulator
キーワードTRANSCRIPTION / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasmic vesicle / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-binding transcriptional activator DevR/DosR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Rice, A.E. / Roberts, D.M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structures of Mycobacterium tuberculosis DosR and DosR-DNA complex involved in gene activation during adaptation to hypoxic latency.
著者: Wisedchaisri, G. / Wu, M. / Rice, A.E. / Roberts, D.M. / Sherman, D.R. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2005年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dormancy Survival Regulator
B: Dormancy Survival Regulator
C: Dormancy Survival Regulator
D: Dormancy Survival Regulator
E: Dormancy Survival Regulator
F: Dormancy Survival Regulator
G: Dormancy Survival Regulator
H: Dormancy Survival Regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1258
ポリマ－70,1258
非ポリマー00
水3,531196
1
A: Dormancy Survival Regulator
B: Dormancy Survival Regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5312
ポリマ－17,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Dormancy Survival Regulator
D: Dormancy Survival Regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5312
ポリマ－17,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Dormancy Survival Regulator
F: Dormancy Survival Regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5312
ポリマ－17,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Dormancy Survival Regulator
H: Dormancy Survival Regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5312
ポリマ－17,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.069, 60.488, 74.226
Angle α, β, γ (deg.)89.90, 89.91, 90.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPPROPROAA145 - 2136 - 74
21ASPASPPROPROEE145 - 2136 - 74
12SERSERARGARGBB141 - 2092 - 70
22SERSERARGARGFF141 - 2092 - 70
13ASPASPPROPROCC145 - 2136 - 74
23ASPASPPROPROGG145 - 2136 - 74
14GLNGLNARGARGDD144 - 2095 - 70
24GLNGLNARGARGHH144 - 2095 - 70

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細The asymmetric unit contains 8 biological monomers forming 4 functional dimers.

-
要素

#1: タンパク質
Dormancy Survival Regulator / DosR


分子量: 8765.596 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dosR, devR, Rv3133c / プラスミド: pET28(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 15610269, UniProt: R4MI41*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 5000mme, ammonium sulfate, sodium chloride, MES, glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月28日
放射モノクロメーター: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 37716 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 26.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.875 / SU ML: 0.11 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1894 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 35816 96.6 %-
all-39046 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20.07 Å2-0.15 Å2
2---1.9 Å2-0.2 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4218 0 0 196 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31825716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74239554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2945538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.3979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.34637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.52747
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.3194
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.30722706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19934326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59621546
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.68631390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A390tight positional0.020.05
2B406tight positional0.020.05
3C408tight positional0.020.05
4D406tight positional0.020.05
1A616medium positional0.420.5
2B647medium positional0.410.5
3C654medium positional0.370.5
4D647medium positional0.540.5
1A390tight thermal0.130.5
2B406tight thermal0.110.5
3C408tight thermal0.120.5
4D406tight thermal0.110.5
1A616medium thermal0.272
2B647medium thermal0.342
3C654medium thermal0.32
4D647medium thermal0.332
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 126 -
Rwork0.216 2214 -
obs--80.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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