PDB-2d8k: Solution structure of the first C2 domain of synaptotagmin VII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d8k

タイトル

Solution structure of the first C2 domain of synaptotagmin VII

要素

synaptotagmin VII

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / exocytosis / calcium binding / lysosome / C2 domain / synaptotagmin / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / synaptic vesicle recycling / short-term synaptic potentiation / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / regulation of bone remodeling / dense core granule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the first C2 domain of synaptotagmin VII
著者: Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d8k.cif.gz	884.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d8k.ent.gz	742.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2jqd-d 2qsr-d 3f05-d 1zlj-1 1lb4-d 4ekp-1 4uz0-d 4ekr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso002002479.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: synaptotagmin VII

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	synaptotagmin VII 分子量: 16139.329 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: SYT7 / プラスミド: P050620-09 / 参照: GenBank: 38570146, UniProt: O43581*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.20mM C2 domain U-15N,13C; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.901	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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