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- PDB-2qsr: Crystal structure of C-terminal domain of transcription-repair co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsr
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of transcription-repair coupling factor
要素Transcription-repair coupling factor
キーワードTRANSCRIPTION / structural genomics / Transcription-repair / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / ATP-binding / Helicase / Hydrolase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription-repair-coupling factor, D7 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain ...Transcription-repair-coupling factor, D7 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Iizuka, M. / Wasserman, S. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of C-terminal domain of transcription-repair coupling factor.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Bain, K. / Iizuka, M. / Wasserman, S. / Rodgers, L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription-repair coupling factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5061
ポリマ－20,5061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.891, 84.891, 122.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Transcription-repair coupling factor


分子量: 20506.107 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain: Residues 1007-1168 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: mfd, spr0006 / プラスミド: BS-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DRQ1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M Sodium citrate pH 6.5, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 19.4 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 99779 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 0.72 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 5156 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.675099.810.0531.25816.5
5.36.6710010.0860.67219.4
4.635.310010.0830.6619.8
4.214.6310010.1190.93520.2
3.914.2110010.1330.62820.4
3.683.9110010.2080.80320
3.493.6810010.280.66419.8
3.343.4910010.4290.53919.5
3.213.3499.810.5790.51819.3
3.13.2110010.8170.48419.1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 5156 / Num. obs: 5156 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 0.718 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / Num. unique all: 493 / Rsym value: 0.707 / Χ2: 0.484 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
RESOLVE位相決定
精密化解像度: 3.1→42.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 40.316 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 234 4.6 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.187 5117 --
obs0.187 5117 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å2-0.22 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→42.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1329 0 0 0 1329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9881810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6245160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.1625.14768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.02215272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.06158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.3672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3510.5950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.596
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.334
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3510.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2232805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.77331294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6562582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.023516
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 21 -
Rwork0.249 336 -
all-357 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5799-0.63683.19463.41971.15776.99470.07040.8955-0.1743-0.05050.1526-0.35970.52090.874-0.22310.20280.0772-0.0257-0.0888-0.01930.260333.0544.10259.177
22.5873.07341.96518.33255.11679.2302-0.37240.7213-0.3737-0.48040.6972-0.63310.42761.1933-0.3248-0.01760.05380.02160.2068-0.09840.232333.82641.70945.863
35.70411.63912.18465.54261.24485.75960.1311-0.19360.1160.2966-0.06040.0378-0.2704-0.2391-0.0707-0.07810.0336-0.0134-0.09140.01810.192328.36956.44463.52
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1005 - 10192 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2AA1020 - 108217 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3AA1083 - 116580 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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