PDB-4iqz: The crystal structure of a large insert in RNA polymerase (RpoC) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iqz

タイトル

The crystal structure of a large insert in RNA polymerase (RpoC) subunit from E. coli

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Function of insertion is unknown

機能・相同性

機能・相同性情報

submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / : / : / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bhandari, V. / Sugiman-Marangos, S.N. / Naushad, H.S. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a large insert in RNA polymerase (RpoC) subunit from E. coli
著者: Bhandari, V. / Sugiman-Marangos, S.N. / Naushad, H.S. / Gupta, R.S. / Junop, M.S.

履歴

登録	2013年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iqz.cif.gz	333.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iqz.ent.gz	269.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4iqz_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iqz_full_validation.pdf.gz	502.1 KB	表示
XML形式データ	4iqz_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	4iqz_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5m2o-d 4f1p-2 2lah-d 5z07-d 1har-d 4fel-d 5oc7-1 5m2s-d 2z0s-d 2vge-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

141 kDa, 5 ポリマー
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1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	198.060, 65.630, 81.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-502- HOH

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 26734.111 Da / 分子数: 5 / 断片: unp residues 932-1141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 MG1655 / 遺伝子: b3988, JW3951, rpoC, RPOC subunit beta', tabB / プラスミド: pET-15b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M KCl, 0.04 M Tris pH 7.9, 0.1 M Phosphate-Citrate, 1.6 M Sodium di-Hydrogen Phosphate, 0.4 M di-Potassium Hydrogen Phosphate, 0.05 M Sodium Iodide , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9802 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日
放射	モノクロメーター: Si (iii) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 58175 / Num. obs: 58175 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.85
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique all: 2880 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX	(phenix.autosol)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→35.987 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2405	2947	5.07 %	Random
R_work	0.2034	-	-	-
obs	0.2053	58074	97.84 %	-
all	-	58175	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.987 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5872	0	63	528	6463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	8103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.183	2002
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0819-2.1161	0.2689	127	0.226	2237	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1161-2.1526	0.2835	148	0.2139	2569	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1526-2.1917	0.2912	131	0.2176	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1917-2.2338	0.2833	138	0.2158	2603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2338-2.2794	0.2581	129	0.2087	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2794-2.329	0.2318	113	0.2088	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
2.329-2.3832	0.2708	137	0.2162	2587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3832-2.4427	0.2976	133	0.2256	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4427-2.5088	0.2927	128	0.2226	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5088-2.5826	0.2741	157	0.2283	2634	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5826-2.6659	0.3012	115	0.2196	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6659-2.7612	0.2584	143	0.2154	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7612-2.8717	0.2406	161	0.2123	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8717-3.0023	0.2349	142	0.2202	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0023-3.1605	0.271	154	0.2112	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1605-3.3584	0.2405	156	0.2005	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3584-3.6175	0.1988	157	0.1757	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6175-3.9811	0.2182	154	0.1784	2624	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9811-4.5562	0.2067	145	0.1617	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5562-5.7365	0.2169	147	0.1957	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7365-35.9924	0.2402	132	0.248	2679	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6331	-0.5543	1.008	1.0079	-0.4685	2.1584	0.0182	0.1735	-0.1448	0.0073	-0.012	-0.086	0.0497	0.216	0.0017	0.1296	0.0121	0.028	0.1479	0.0015	0.1387	80.3015	24.7055	29.7163
2	7.4256	3.4716	7.3964	2.0884	3.6675	8.0725	0.2859	-0.9641	0.2449	0.4058	-0.2374	-0.1322	0.1671	-0.6585	-0.0497	0.1547	0.0228	0.0086	0.184	0.0002	0.2328	67.7611	31.745	36.5444
3	3.6457	-0.7844	-3.1667	3.0671	1.8444	5.3489	-0.4885	-0.3659	0.0436	0.6121	0.0775	0.3763	0.3283	-0.4201	0.2346	0.1741	0.061	0.0251	0.2717	-0.0414	0.2356	50.3231	31.2989	28.8082
4	7.612	-0.4631	-2.0633	4.8467	-0.596	6.9638	-0.0464	-0.7196	0.3904	0.3632	-0.416	0.0751	-0.2705	-0.4307	0.2951	0.2626	0.0363	0.0289	0.3387	-0.1241	0.3065	48.3771	35.7816	40.5454
5	2.8752	0.9038	0.6123	2.1008	0.2065	4.5669	-0.0698	-0.0514	-0.3039	0.0543	0.0735	0.0537	0.672	-0.3252	0.0086	0.1904	0.0151	-0.0056	0.1341	0.0307	0.2685	52.2985	23.6751	26.6837
6	0.4919	-0.6222	-1.3464	3.01	-0.156	5.4044	-0.1129	-0.1279	-0.0404	0.1985	0.1106	0.1959	-0.5024	0.4906	0.0395	0.1396	-0.0339	0.0255	0.1195	0.0227	0.1524	58.9646	34.07	29.3167
7	1.2432	-0.4345	-0.0157	1.0108	-0.6296	0.7698	0.0355	-0.3438	-0.8453	-0.0864	0.1021	0.3012	0.6757	-0.5855	0.0217	0.3681	-0.1779	0.0208	0.4492	0.1049	0.4631	43.6056	13.6324	36.6683
8	3.3324	-0.4126	1.9831	3.0421	-2.1023	7.6784	0.0879	0.2839	0.1101	-0.1946	0.0394	0.2672	0.0276	-0.2201	-0.1254	0.2235	-0.0638	-0.0005	0.2052	0.1142	0.2868	45.8193	15.1441	32.7429
9	5.4655	5.3265	6.3361	5.1878	6.1441	8.3098	0.282	-0.1167	-0.5547	0.2861	-0.0315	0.3383	1.2983	-0.0228	-0.3422	0.3525	0.0259	-0.0472	0.1899	0.02	0.3818	56.303	8.4821	42.3901
10	3.5988	-1.607	0.2006	4.7277	-0.3398	5.582	0.1105	-0.5554	-0.5953	0.2189	0.1098	-0.1536	0.6445	0.6087	-0.1668	0.3238	-0.0397	-0.0119	0.3495	0.0747	0.377	70.5255	11.3309	52.8495
11	3.7178	-0.2349	-0.3772	3.8142	-0.2047	3.8652	0.1138	-0.4104	0.0494	0.2625	-0.0369	0.3233	0.0295	0.0612	-0.063	0.2016	-0.0935	0.051	0.2466	0.0347	0.2115	62.2004	18.0177	53.5916
12	3.5101	-2.3608	0.3878	5.3	-0.5731	3.8854	0.0371	-0.0518	-0.2299	-0.1728	-0.1281	-0.396	0.2703	0.0217	0.1016	0.2317	-0.0333	-0.0122	0.144	0.074	0.277	74.7699	47.4229	-7.3456
13	2.5606	-1.5294	0.0978	1.1219	0.0366	0.0647	0.052	0.3836	-0.1984	-0.6224	0.1392	-0.5631	-0.0045	0.2701	-0.1044	0.3304	-0.0017	0.1361	0.1932	-0.0538	0.2764	76.5986	35.8466	-16.1625
14	0.6288	-1.8829	-0.9492	8.6535	6.0234	8.3323	0.0844	-0.0434	-0.3181	-0.1735	0.1489	-0.241	-0.0431	0.2661	-0.229	0.174	0.0141	-0.0035	0.2463	0.0568	0.2951	77.0744	43.6739	-7.1761
15	5.1008	-2.7006	-6.2426	3.5226	2.7897	7.9346	0.3918	0.3278	0.2958	-1.1056	0.4117	-0.8781	-0.7525	-0.084	-0.7311	0.3711	-0.0178	0.1249	0.1834	0.056	0.3551	81.7713	47.2609	-13.973
16	3.4434	-1.1863	-1.6729	2.1755	-0.5552	3.122	0.1866	-0.4002	-0.0615	0.3838	-0.0482	-0.1267	-0.1947	0.2036	-0.1105	0.4173	-0.1085	-0.0294	0.172	0.0386	0.3376	71.1117	57.6407	4.9189
17	6.5427	1.9993	-2.5462	3.8038	-3.3515	3.0784	0.7987	-0.0565	-0.3313	0.9871	0.2591	-0.2746	-0.2857	0.1048	-0.7092	0.9295	-0.2294	-0.0141	0.7731	-0.258	0.6083	70.5879	67.5664	19.425
18	3.0025	1.773	-4.9081	6.1161	-3.6034	9.1051	0.967	-0.6731	0.3852	0.8776	-0.7241	-0.2399	-0.0662	1.9133	-0.3294	0.6055	-0.2375	-0.0978	0.5873	0.0015	0.451	78.7131	66.0206	15.9428
19	8.7366	0.5786	5.1507	2.6408	1.2105	6.4804	0.5362	-1.083	0.942	0.7289	-0.0595	-0.3341	-0.5537	-1.0448	-0.1784	0.5886	-0.0363	0.1097	0.2942	-0.0396	0.4681	62.3415	63.7436	13.8501
20	4.4392	-0.1739	4.0576	3.6898	-1.6686	4.3613	-0.0875	0.0087	-1.8664	0.7682	0.3289	0.8869	1.5352	-1.597	-0.1612	0.4802	-0.1314	0.1476	0.3584	0.0486	0.6553	54.5074	55.1908	5.2872
21	5.1215	4.042	0.0594	4.3241	1.2544	2.3123	0.384	-0.0858	0.123	0.1191	0.025	0.3002	0.0438	-0.141	-0.3363	0.2711	-0.024	0.0249	0.1379	0.0987	0.2973	67.6017	58.0488	12.7305
22	2.1841	1.1951	1.068	1.0884	0.226	2.4356	0.2472	0.1905	0.0947	-0.1015	-0.2167	-0.1459	-0.3511	0.2386	0.0724	0.4254	-0.0871	0.0236	0.1806	0.036	0.2645	71.7395	62.49	5.0365
23	1.0533	-1.6631	-1.1993	2.9003	1.7087	1.4779	-0.2463	0.0732	0.4822	0.2834	-0.4174	1.0184	-0.0638	-0.1611	0.6607	0.3634	-0.052	-0.0928	0.1955	0.0055	0.675	51.9626	51.3611	19.5222
24	6.2227	-0.4932	-1.9935	4.5961	-0.5012	4.9435	0.1243	-0.3772	0.2378	0.28	-0.0181	0.6888	-0.5814	0.0638	-0.0657	0.3614	0.0034	0.0168	0.1181	0.0165	0.3127	59.2947	48.7012	20.1278
25	4.7085	2.6151	-0.3351	3.6189	-0.3913	6.0526	0.0576	-0.2046	-0.0024	0.3	-0.2281	0.8197	-0.5516	-0.3023	0.1615	0.1925	-0.026	-0.0147	0.1414	-0.0444	0.2747	56.4751	52.228	17.1983
26	2.3048	1.5814	0.5155	3.8567	1.3183	2.7595	-0.1061	-0.0731	-0.1661	0.1248	0.099	0.3157	-0.2241	-0.2219	-0.0021	0.2682	-0.0235	-0.0207	0.2424	0.0999	0.2494	61.8789	41.9342	14.7556
27	0.4687	-1.3824	-0.4809	6.3276	2.3702	2.0618	-0.1462	0.1113	-0.133	-0.2646	0.1723	0.0632	0.0874	0.498	-0.0247	0.1831	-0.0399	0.0159	0.321	0.0422	0.2465	79.3304	31.3434	9.1253
28	8.095	-2.7502	-0.3369	3.4791	-3.1639	5.1155	0.0085	1.3165	-0.3683	-0.6214	0.5058	0.5864	0.7414	0.4531	-0.5525	0.319	-0.0944	-0.055	0.3389	-0.0299	0.2783	69.3354	29.5386	1.7367
29	5.0177	2.5951	1.032	6.9853	1.3331	4.2545	-0.1004	-0.0585	-0.1721	0.1738	-0.2007	-0.5483	0.404	1.0204	0.0089	0.1943	0.0043	0.0063	0.293	0.0873	0.1826	80.4253	33.2385	14.6257
30	5.7913	1.8569	0.0396	2.8239	-1.5716	5.2979	-0.3495	-0.9073	-0.6293	1.3183	-0.3192	-0.4612	-0.1928	0.3988	0.4708	0.4296	0.0344	-0.0827	0.4555	0.0183	0.3041	80.2059	39.7712	25.8386
31	3.6603	-1.4667	3.2586	4.1037	1.6164	5.8845	0.0497	-0.3085	-0.2468	0.0883	0.1197	-0.2457	-0.2403	0.0103	-0.1757	0.2034	-0.0716	0.0111	0.2615	0.0401	0.1566	72.3024	31.7666	15.8862
32	0.2466	-0.1541	0.1223	1.5533	0.0954	2.2533	-0.322	0.2035	0.3447	-0.2715	0.2347	0.2071	-0.241	0.3881	0.1048	0.23	-0.0616	-0.0561	0.2239	0.0777	0.2471	74.0055	41.967	9.1062
33	7.0156	2.7994	1.9219	6.5662	1.6934	5.8055	0.1112	0.2335	-0.1847	0.045	-0.2337	0.0262	-0.2005	-0.5226	0.1088	0.1602	-0.036	-0.0092	0.2266	0.0433	0.1602	63.8351	35.3979	11.6756
34	4.8414	-1.0302	-2.5121	3.1244	1.2638	6.7886	0.0957	0.8569	0.092	-0.7076	-0.0983	-0.3799	0.0833	-0.4855	0.0043	0.3294	0.065	0.0669	0.4318	-0.0964	0.3258	16.084	46.0252	8.741
35	1.4309	-0.8038	1.6357	6.7274	-3.3218	5.4384	0.1117	0.272	0.2319	-0.2944	-0.0896	-0.1622	-0.1637	-0.3654	-0.0122	0.3134	0.0684	0.1054	0.3593	-0.0262	0.3209	18.7889	48.8463	6.5621
36	4.0365	-0.3232	-0.4934	0.872	-0.37	1.2044	-0.4794	-0.435	0.4902	0.4878	0.2127	-0.0499	-0.261	-0.0689	0.2623	0.3731	0.0901	-0.0605	0.2869	-0.021	0.3823	32.6851	28.398	23.251
37	3.7638	0.331	-0.7883	3.9004	-0.264	3.2267	-0.0832	0.0145	-0.1336	0.5418	0.0551	-0.1159	-0.1563	-0.0982	0.0467	0.2725	0.0774	-0.0334	0.1761	-0.0654	0.2013	27.8444	26.8154	17.1563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 194 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 216 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 37 through 86 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 87 through 108 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 109 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 118 through 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 160 through 216 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 36 through 68 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 69 through 79 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 80 through 96 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 97 through 108 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 109 through 127 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 128 through 137 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 138 through 155 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 156 through 175 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 176 through 185 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 186 through 194 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 195 through 215 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 37 through 53 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 54 through 86 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 87 through 104 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 105 through 122 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 123 through 134 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 135 through 150 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 151 through 175 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 176 through 185 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 186 through 194 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 195 through 208 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 209 through 215 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 37 through 68 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 69 through 117 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 118 through 145 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 146 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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