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- PDB-3bwu: Crystal structure of the ternary complex of FimD (N-Terminal Doma... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bwu | ||||||
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Title | Crystal structure of the ternary complex of FimD (N-Terminal Domain, FimDN) with FimC and the N-terminally truncated pilus subunit FimF (FimFt) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | CHAPERONE / STRUCTURAL / MEMBRANE PROTEIN / Usher / N-terminal domain / ternary complex with chaperone and pilus subunit / STRUCTURAL PROTEIN / MEBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() fimbrial usher porin activity / pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell outer membrane ...fimbrial usher porin activity / pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eidam, O. / Grutter, M.G. / Capitani, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the ternary FimC-FimF(t)-FimD(N) complex indicates conserved pilus chaperone-subunit complex recognition by the usher FimD Authors: Eidam, O. / Dworkowski, F.S. / Glockshuber, R. / Grutter, M.G. / Capitani, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 92.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 472.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ze3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 3 types, 3 molecules CDF
#1: Protein | Mass: 22754.031 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 13664.263 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: N-terminal domain, Residues 1-125 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 14841.579 Da / Num. of mol.: 1 Fragment: N-terminal truncation construct of pilus subunit fimF, Residues 13-154 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 655 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mM Tris/HCl pH 8.0, 20% PEG 8000, 50 mM succinic acid pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2006 / Details: Dynamically bendable mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.88562 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→33 Å / Num. obs: 63367 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB ENTRY 1ZE3 Resolution: 1.76→32.34 Å / FOM work R set: 0.87 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / Stereochemistry target values: ml
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Solvent computation | Bsol: 51.469 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 132.1 Å2 / Biso mean: 23.13 Å2 / Biso min: 2.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→32.34 Å
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Refine LS restraints |
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