+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dbg | ||||||
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Title | Crystal Structure of VHH R303 in complex with InlB-LRR-IR | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria Internalin B | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) Camelus dromedarius (Arabian camel) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes. Authors: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dbg.cif.gz | 478.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dbg.ent.gz | 399.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dbg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dbg_validation.pdf.gz | 443.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dbg_full_validation.pdf.gz | 447.9 KB | Display | |
Data in XML | 6dbg_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
Data in CIF | 6dbg_validation.cif.gz | 63.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6dbg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dbaSC 6dbdC 6dbeC 6dbfC 2uzxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33795.473 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: inlB, lmo0434 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: C6ZUN6, UniProt: P0DQD2*PLUS #2: Antibody | Mass: 15786.411 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Camelus dromedarius (Arabian camel) / Plasmid: pSJF2H / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): TG1 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate, 34 % Jeffamine ED-2001 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: May 9, 2017 Details: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips |
Radiation | Monochromator: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.51→43.201 Å / Num. obs: 122420 / % possible obs: 93.51 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 15.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.56 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DBA, 2UZX Resolution: 1.51→43.201 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 17.8
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.91 Å2 / Biso mean: 25.8283 Å2 / Biso min: 10.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.51→43.201 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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