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万見
- PDB-6v97: Kindlin-3 double deletion mutant short form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v97
タイトルKindlin-3 double deletion mutant short form
要素Fermitin family homolog 3
キーワードBLOOD CLOTTING / Integrin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-substrate junction / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin activation / podosome / leukocyte cell-cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell projection ...cell-substrate junction / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin activation / podosome / leukocyte cell-cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / platelet aggregation / integrin binding / Platelet degranulation / positive regulation of cell migration / lipid binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain ...Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fermitin family homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.381 Å
データ登録者Xu, Z. / Zhang, T.L. / Xu, Z. / Sun, J.J. / Ding, J.P. / Ma, Y.Q.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL131654 米国
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2020
タイトル: Structure basis of the FERM domain of kindlin-3 in supporting integrin alpha IIb beta 3 activation in platelets.
著者: Sun, J. / Xiao, D. / Ni, Y. / Zhang, T. / Cao, Z. / Xu, Z. / Nguyen, H. / Zhang, J. / White, G.C. / Ding, J. / Ma, Y.Q. / Xu, Z.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fermitin family homolog 3
B: Fermitin family homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7732
ポリマ－107,7732
非ポリマー00
水3,225179
1
A: Fermitin family homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8861
ポリマ－53,8861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fermitin family homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8861
ポリマ－53,8861
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.502, 131.487, 134.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fermitin family homolog 3 / Kindlin-3 / MIG2-like protein / Unc-112-related protein 2


分子量: 53886.457 Da / 分子数: 2 / 変異: 166-194 deleted, 314-493 deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FERMT3, KIND3, MIG2B, URP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86UX7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The cDNA of human kindlin-3 (GenBank NM_031471) used for expressing kindlin-3 protein in this study ...The cDNA of human kindlin-3 (GenBank NM_031471) used for expressing kindlin-3 protein in this study is a short variant, resulting in 4 residues (IPRR) missing when compared to Q86UX7 in Uniprot

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% PEG 3350 and 0.2 M sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.381→50 Å / Num. obs: 48090 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.594 / Num. unique obs: 4708 / CC1/2: 0.859 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACTデータ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XPY

5xpy


解像度: 2.381→46.952 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 2001 4.19 %
Rwork0.2034 45726 -
obs0.2057 47727 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.19 Å2 / Biso mean: 61.1058 Å2 / Biso min: 22.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.381→46.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6807 0 0 179 6986
Biso mean---50.7 -
残基数----828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7069499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4915891
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3815-2.4410.3291210.2711293290
2.441-2.5070.32831450.2463325899
2.507-2.58080.33861470.24323299
2.5808-2.66410.32171380.23713258100
2.6641-2.75930.30421490.2454325699
2.7593-2.86980.30081360.2496326399
2.8698-3.00040.35231470.2503328499
3.0004-3.15850.33321430.24143282100
3.1585-3.35630.26911440.2255332099
3.3563-3.61540.28771430.2139329099
3.6154-3.97910.24411500.1867332199
3.9791-4.55440.20821430.1645332599
4.5544-5.73650.20611490.1781334299
5.7365-46.9520.21271460.1817336395
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8175 Å / Origin y: -47.0846 Å / Origin z: -16.9992 Å
111213212223313233
T0.2225 Å2-0.0375 Å2-0.0008 Å2-0.2641 Å2-0.0211 Å2--0.2462 Å2
L0.2158 °2-0.1708 °20.0116 °2-0.4117 °20.0741 °2--0.335 °2
S-0.0037 Å °0.0468 Å °0.0415 Å °0.0552 Å °0.0585 Å °-0.0034 Å °0.0057 Å °0.0637 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 659
2X-RAY DIFFRACTION1allB15 - 659
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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