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- PDB-3bt7: Structure of E. coli 5-Methyluridine Methyltransferase TrmA in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bt7
タイトルStructure of E. coli 5-Methyluridine Methyltransferase TrmA in complex with 19 nucleotide T-arm analogue
要素
  • RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
  • tRNA (uracil-5-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / methyluridine / methyltransferase / TrmA / RUMT / S-adenosyl-L-methionine / tRNA processing / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uracil(54)-C5)-methyltransferase activity, S-adenosyl methionine-dependent / tRNA (uracil54-C5)-methyltransferase / tRNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / rRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA/tmRNA (uracil-C(5))-methyltransferase, TrmA / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 ...tRNA/tmRNA (uracil-C(5))-methyltransferase, TrmA / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA/tmRNA (uracil-C(5))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Alian, A. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structure of a TrmA-RNA complex: A consensus RNA fold contributes to substrate selectivity and catalysis in m5U methyltransferases.
著者: Alian, A. / Lee, T.T. / Griner, S.L. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.
履歴
登録2007年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase
B: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase
C: RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6864
ポリマ－96,6864
非ポリマー00
水4,702261
1
A: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase
C: RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3432
ポリマ－48,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
2
B: tRNA (uracil-5-)-methyltransferase
D: RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3432
ポリマ－48,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.407, 70.131, 107.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETASPASP1AA1 - 654 - 68
211METMETASPASP1BB1 - 654 - 68
321GLNGLNTHRTHR1AA67 - 6870 - 71
421GLNGLNTHRTHR1BB67 - 6870 - 71
531SERSERSERSER1AA7073
631SERSERSERSER1BB7073
741ILEILESERSER1AA72 - 8175 - 84
841ILEILESERSER1BB72 - 8175 - 84
951LEULEULEULEU1AA83 - 10186 - 104
1051LEULEULEULEU1BB83 - 10186 - 104
1161HISHISASPASP1AA103 - 233106 - 236
1261HISHISASPASP1BB103 - 233106 - 236
1371VALVALLYSLYS1AA235 - 366238 - 369
1471VALVALLYSLYS1BB235 - 366238 - 369
112GGCC4CC48 - 661 - 19
212GGCC4DD48 - 661 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (uracil-5-)-methyltransferase / tRNAM-5-U54 / methyltransferase / RUMT


分子量: 42298.137 Da / 分子数: 2 / 変異: E358Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trmA / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P23003, tRNA (uracil54-C5)-methyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(P*GP*CP*UP*GP*UP*GP*(5MU)P*UP*CP*GP*AP*UP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 6044.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 7.4, 200 mM sodium sulfate, and 22 % PEG-8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2sodium cacodylate12
3sodium sulfate11
4sodium sulfate12
5PEG-800011
6PEG-800012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→35.1 Å / Num. all: 90859 / Num. obs: 42023 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 83.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB entry 2BH2

2bh2


解像度: 2.43→35.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 11.218 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28635 3230 7.7 %RANDOM
Rwork0.22509 ---
obs0.2297 38764 93.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→35.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5914 804 0 261 6979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7812.1059568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4343.00110684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7155736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58724.304309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.099151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1691546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2750.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.781.53692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.51470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45325963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10233237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3924.53605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 2 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 2 / 数: 531 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

タイプWeight position
medium positional0.5
medium thermal5
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.493 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 209 -
Rwork0.366 2533 -
obs--82.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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