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- PDB-3bk9: H55A mutant of tryptophan 2,3-dioxygenase from Xanthomonas campestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bk9
タイトルH55A mutant of tryptophan 2,3-dioxygenase from Xanthomonas campestris
要素Tryptophan 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tryptophan dioxygenase / H55A mutant / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan 2,3-dioxygenase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #480 / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TRYPTOPHAN / Tryptophan 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Bruckmann, C. / Mowat, C.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Histidine 55 of tryptophan 2,3-dioxygenase is not an active site base but regulates catalysis by controlling substrate binding
著者: Thackray, S.J. / Bruckmann, C. / Anderson, J.L.R. / Campbell, L.P. / Xiao, R. / Zhao, L. / Mowat, C.G. / Forouhar, F. / Tong, L. / Chapman, S.K.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase
E: Tryptophan 2,3-dioxygenase
F: Tryptophan 2,3-dioxygenase
G: Tryptophan 2,3-dioxygenase
H: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,90229
ポリマ－285,3158
非ポリマー7,58721
水18,3031016
1
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,75716
ポリマ－142,6574
非ポリマー4,10012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29920 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area36050 Å2
手法PISA
2
E: Tryptophan 2,3-dioxygenase
F: Tryptophan 2,3-dioxygenase
G: Tryptophan 2,3-dioxygenase
H: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,14413
ポリマ－142,6574
非ポリマー3,4879
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24530 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area35390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.222, 117.606, 139.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO


分子量: 35664.355 Da / 分子数: 8 / 変異: H55A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
プラスミド: pMGK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8PDA8, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100mM Mes (pH 6.3), 10-12% (wt/vol) PEG 4000, 60mM MnCl2, 10mM sodium dithionite, 2mM L-Trp, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.381 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.381 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→59.66 Å / Num. all: 312593 / Num. obs: 131764 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 18137 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2nw7

2nw7


解像度: 2.15→54.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 7.708 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28457 6624 5 %RANDOM
Rwork0.20047 ---
obs0.2047 125104 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å20.17 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17638 0 419 1016 19073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02218564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3462.00425273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55452109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94822.753977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.023153042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.08815188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.22606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.28829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.212272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3710.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4430.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3151.511067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.994217053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.53138941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0644.58208
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 455 -
Rwork0.265 8633 -
obs-8633 90.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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