PDB-2nox: Crystal structure of tryptophan 2,3-dioxygenase from Ralstonia me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nox

タイトル

Crystal structure of tryptophan 2,3-dioxygenase from Ralstonia metallidurans

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / helical bundle / heme protein

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / NAD+ biosynthetic process / catalytic complex / heme binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus metallidurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Kang, S.A. / Mukherjee, T. / Bale, S. / Crane, B.R. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal structure and mechanism of tryptophan 2,3-dioxygenase, a heme enzyme involved in tryptophan catabolism and in quinolinate biosynthesis.
著者: Zhang, Y. / Kang, S.A. / Mukherjee, T. / Bale, S. / Crane, B.R. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2006年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nox.cif.gz	874.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nox.ent.gz	731.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2nox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/2nox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yw0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bk9-1 2nw7-d 3e08-1 3k9w-1 1u0f-d 1iat-1 6v26-2 2o2d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

E: Tryptophan 2,3-dioxygenase

F: Tryptophan 2,3-dioxygenase

G: Tryptophan 2,3-dioxygenase

H: Tryptophan 2,3-dioxygenase

I: Tryptophan 2,3-dioxygenase

J: Tryptophan 2,3-dioxygenase

K: Tryptophan 2,3-dioxygenase

L: Tryptophan 2,3-dioxygenase

M: Tryptophan 2,3-dioxygenase

N: Tryptophan 2,3-dioxygenase

O: Tryptophan 2,3-dioxygenase

P: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

531 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Tryptophan 2,3-dioxygenase

F: Tryptophan 2,3-dioxygenase

G: Tryptophan 2,3-dioxygenase

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ヘテロ分子

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3

I: Tryptophan 2,3-dioxygenase

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ヘテロ分子

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133 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Tryptophan 2,3-dioxygenase

N: Tryptophan 2,3-dioxygenase

O: Tryptophan 2,3-dioxygenase

P: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

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133 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.544, 132.121, 139.950
Angle α, β, γ (deg.)	66.970, 85.060, 89.890
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	A	A	43 - 53	25 - 35
2	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	B	B	43 - 53	25 - 35
3	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	C	C	43 - 53	25 - 35
4	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	D	D	43 - 53	25 - 35
5	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	E	E	43 - 53	25 - 35
6	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	F	F	43 - 53	25 - 35
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8	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	H	H	43 - 53	25 - 35
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10	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	J	J	43 - 53	25 - 35
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16	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	P	P	43 - 53	25 - 35
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18	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	B	B	65 - 137	47 - 119
19	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	C	C	65 - 137	47 - 119
20	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	D	D	65 - 137	47 - 119
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24	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	H	H	65 - 137	47 - 119
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26	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	J	J	65 - 137	47 - 119
27	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	K	K	65 - 137	47 - 119
28	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	L	L	65 - 137	47 - 119
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32	2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	2	P	P	65 - 137	47 - 119
33	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	A	A	146 - 206	128 - 188
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35	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	C	C	146 - 206	128 - 188
36	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	D	D	146 - 206	128 - 188
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38	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	F	F	146 - 206	128 - 188
39	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	G	G	146 - 206	128 - 188
40	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	H	H	146 - 206	128 - 188
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43	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	K	K	146 - 206	128 - 188
44	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	L	L	146 - 206	128 - 188
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46	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	N	N	146 - 206	128 - 188
47	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	O	O	146 - 206	128 - 188
48	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	2	P	P	146 - 206	128 - 188
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50	4	1	ALA	ALA	ILE	ILE	2	B	B	217 - 265	199 - 247
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61	4	1	ALA	ALA	ILE	ILE	2	M	M	217 - 265	199 - 247
62	4	1	ALA	ALA	ILE	ILE	2	N	N	217 - 265	199 - 247
63	4	1	ALA	ALA	ILE	ILE	2	O	O	217 - 265	199 - 247
64	4	1	ALA	ALA	ILE	ILE	2	P	P	217 - 265	199 - 247
65	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	A	A	277 - 284	259 - 266
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75	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	K	K	277 - 284	259 - 266
76	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	L	L	277 - 284	259 - 266
77	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	M	M	277 - 284	259 - 266
78	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	N	N	277 - 284	259 - 266
79	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	O	O	277 - 284	259 - 266
80	5	1	VAL	VAL	LEU	LEU	2	P	P	277 - 284	259 - 266
81	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	A	A	290 - 299	272 - 281
82	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	B	B	290 - 299	272 - 281
83	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	C	C	290 - 299	272 - 281
84	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	D	D	290 - 299	272 - 281
85	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	E	E	290 - 299	272 - 281
86	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	F	F	290 - 299	272 - 281
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88	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	H	H	290 - 299	272 - 281
89	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	I	I	290 - 299	272 - 281
90	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	J	J	290 - 299	272 - 281
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96	6	1	PRO	PRO	LEU	LEU	2	P	P	290 - 299	272 - 281
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100	7	1	SER	SER	ASN	ASN	5	D	D	54 - 64	36 - 46
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102	7	1	SER	SER	ASN	ASN	5	F	F	54 - 64	36 - 46
103	7	1	SER	SER	ASN	ASN	5	G	G	54 - 64	36 - 46
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113	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	A	A	138 - 145	120 - 127
114	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	B	B	138 - 145	120 - 127
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117	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	E	E	138 - 145	120 - 127
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119	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	G	G	138 - 145	120 - 127
120	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	H	H	138 - 145	120 - 127
121	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	I	I	138 - 145	120 - 127
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123	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	K	K	138 - 145	120 - 127
124	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	L	L	138 - 145	120 - 127
125	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	M	M	138 - 145	120 - 127
126	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	N	N	138 - 145	120 - 127
127	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	O	O	138 - 145	120 - 127
128	8	1	GLY	GLY	SER	SER	5	P	P	138 - 145	120 - 127
129	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	A	A	207 - 216	189 - 198
130	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	B	B	207 - 216	189 - 198
131	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	C	C	207 - 216	189 - 198
132	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	D	D	207 - 216	189 - 198
133	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	E	E	207 - 216	189 - 198
134	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	F	F	207 - 216	189 - 198
135	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	G	G	207 - 216	189 - 198
136	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	H	H	207 - 216	189 - 198
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138	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	J	J	207 - 216	189 - 198
139	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	K	K	207 - 216	189 - 198
140	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	L	L	207 - 216	189 - 198
141	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	M	M	207 - 216	189 - 198
142	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	N	N	207 - 216	189 - 198
143	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	O	O	207 - 216	189 - 198
144	9	1	ARG	ARG	ASN	ASN	5	P	P	207 - 216	189 - 198
145	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	A	A	285 - 289	267 - 271
146	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	B	B	285 - 289	267 - 271
147	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	C	C	285 - 289	267 - 271
148	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	D	D	285 - 289	267 - 271
149	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	E	E	285 - 289	267 - 271
150	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	F	F	285 - 289	267 - 271
151	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	G	G	285 - 289	267 - 271
152	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	H	H	285 - 289	267 - 271
153	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	I	I	285 - 289	267 - 271
154	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	J	J	285 - 289	267 - 271
155	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	K	K	285 - 289	267 - 271
156	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	L	L	285 - 289	267 - 271
157	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	M	M	285 - 289	267 - 271
158	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	N	N	285 - 289	267 - 271
159	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	O	O	285 - 289	267 - 271
160	10	1	ASP	ASP	PHE	PHE	5	P	P	285 - 289	267 - 271
1	1	2	GLY	GLY	GLY	GLY	2	A	A	266 - 276	248 - 258
2	1	2	GLY	GLY	GLY	GLY	2	I	I	266 - 276	248 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological unit is a tetramer. The unit cell (P1) contains four tetramers.

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase 分子量: 32542.783 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Cupriavidus metallidurans (バクテリア) 参照: UniProt: Q1LK00, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 224640 / Num. obs: 224640 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Χ²: 1.655 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.974 / Num. unique all: 18873 / Χ²: 1.533 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1YW0

1yw0

解像度: 2.4→50.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 17.039 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	8503	5 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
all	0.21	170159	-	-
obs	0.21	170159	93.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.446 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	-0.06 Å²	-1.34 Å²
2-	-	0.32 Å²	0.27 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34146	0	688	1543	36377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	35905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	2.006	48937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.392	5	4124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.57	22.967	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.632	15	5985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.406	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	5031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	27924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.3	18615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.5	24341
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.5	3459
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.3	186
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.5	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.168	2	21162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.842	3	33437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.338	2	16938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.762	3	15466

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	831	TIGHT POSITIONAL	0.19	0.05
1	2	B	831	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
1	3	C	831	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.05
1	4	D	831	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.05
1	5	E	831	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
1	6	F	831	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
1	7	G	831	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
1	8	H	831	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	9	I	831	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.05
1	10	J	831	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
1	11	K	831	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	12	L	831	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
1	13	M	831	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	14	N	831	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
1	15	O	831	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
1	16	P	831	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	1	A	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.56	0.5
1	2	B	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
1	3	C	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.65	0.5
1	4	D	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
1	5	E	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
1	6	F	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.46	0.5
1	7	G	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	8	H	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	9	I	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
1	10	J	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
1	11	K	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
1	12	L	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.45	0.5
1	13	M	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	14	N	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
1	15	O	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.56	0.5
1	16	P	1038	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
1	1	A	130	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
1	2	B	130	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	3	C	130	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
1	4	D	130	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
1	5	E	130	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
1	6	F	130	LOOSE POSITIONAL	0.42	5
1	7	G	130	LOOSE POSITIONAL	0.57	5
1	8	H	130	LOOSE POSITIONAL	0.57	5
1	9	I	130	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
1	10	J	130	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	11	K	130	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
1	12	L	130	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
1	13	M	130	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
1	14	N	130	LOOSE POSITIONAL	0.73	5
1	15	O	130	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	16	P	130	LOOSE POSITIONAL	0.51	5
1	1	A	831	TIGHT THERMAL	0.66	0.5
1	2	B	831	TIGHT THERMAL	0.55	0.5
1	3	C	831	TIGHT THERMAL	0.56	0.5
1	4	D	831	TIGHT THERMAL	0.77	0.5
1	5	E	831	TIGHT THERMAL	0.54	0.5
1	6	F	831	TIGHT THERMAL	0.54	0.5
1	7	G	831	TIGHT THERMAL	0.52	0.5
1	8	H	831	TIGHT THERMAL	0.54	0.5
1	9	I	831	TIGHT THERMAL	0.51	0.5
1	10	J	831	TIGHT THERMAL	0.42	0.5
1	11	K	831	TIGHT THERMAL	0.43	0.5
1	12	L	831	TIGHT THERMAL	0.51	0.5
1	13	M	831	TIGHT THERMAL	0.53	0.5
1	14	N	831	TIGHT THERMAL	0.44	0.5
1	15	O	831	TIGHT THERMAL	0.47	0.5
1	16	P	831	TIGHT THERMAL	0.56	0.5
1	1	A	1038	MEDIUM THERMAL	4.45	2
1	2	B	1038	MEDIUM THERMAL	3.69	2
1	3	C	1038	MEDIUM THERMAL	3.7	2
1	4	D	1038	MEDIUM THERMAL	4.96	2
1	5	E	1038	MEDIUM THERMAL	3.68	2
1	6	F	1038	MEDIUM THERMAL	3.54	2
1	7	G	1038	MEDIUM THERMAL	3.77	2
1	8	H	1038	MEDIUM THERMAL	4.3	2
1	9	I	1038	MEDIUM THERMAL	3.48	2
1	10	J	1038	MEDIUM THERMAL	2.92	2
1	11	K	1038	MEDIUM THERMAL	3.51	2
1	12	L	1038	MEDIUM THERMAL	3.69	2
1	13	M	1038	MEDIUM THERMAL	3.8	2
1	14	N	1038	MEDIUM THERMAL	3.16	2
1	15	O	1038	MEDIUM THERMAL	3.43	2
1	16	P	1038	MEDIUM THERMAL	3.76	2
1	1	A	130	LOOSE THERMAL	10.84	10
1	2	B	130	LOOSE THERMAL	8.46	10
1	3	C	130	LOOSE THERMAL	6.87	10
1	4	D	130	LOOSE THERMAL	12.32	10
1	5	E	130	LOOSE THERMAL	8.38	10
1	6	F	130	LOOSE THERMAL	8.89	10
1	7	G	130	LOOSE THERMAL	10.03	10
1	8	H	130	LOOSE THERMAL	9.26	10
1	9	I	130	LOOSE THERMAL	8.71	10
1	10	J	130	LOOSE THERMAL	6.36	10
1	11	K	130	LOOSE THERMAL	7.17	10
1	12	L	130	LOOSE THERMAL	8.97	10
1	13	M	130	LOOSE THERMAL	8.61	10
1	14	N	130	LOOSE THERMAL	7.63	10
1	15	O	130	LOOSE THERMAL	9.88	10
1	16	P	130	LOOSE THERMAL	8.23	10
2	1	A	44	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	1	A	30	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
2	1	A	44	TIGHT THERMAL	0.75	0.5
2	1	A	30	MEDIUM THERMAL	3.53	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	581	-
R_work	0.244	10346	-
obs	-	10927	82 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 71.8281 Å / Origin y: 82.9725 Å / Origin z: 69.8378 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0149 Å²	0 Å²	-0.0239 Å²	-	-0.0482 Å²	-0.0013 Å²	-	-	-0.0632 Å²
L	0.1581 °²	-0.0001 °²	-0.0262 °²	-	0.1682 °²	0.0171 °²	-	-	0.0595 °²
S	0.0239 Å °	0.0369 Å °	-0.0033 Å °	-0.056 Å °	-0.0027 Å °	0.0288 Å °	0.0657 Å °	0.0205 Å °	-0.0212 Å °

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Refine TLS-ID: 1 / Selection: ALL

ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	A	A	39 - 299	21 - 281
2	B	B	30 - 299	12 - 281
3	C	C	40 - 299	22 - 281
4	D	D	41 - 299	23 - 281
5	E	E	39 - 299	21 - 281
6	F	F	35 - 299	17 - 281
7	G	G	40 - 299	22 - 281
8	H	H	41 - 299	23 - 281
9	I	I	41 - 299	23 - 281
10	J	J	39 - 299	21 - 281
11	K	K	39 - 299	21 - 281
12	L	L	40 - 299	22 - 281
13	M	M	40 - 299	22 - 281
14	N	N	40 - 299	22 - 281
15	O	O	39 - 299	21 - 281
16	P	P	41 - 299	23 - 281

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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