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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bd4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of single domain VL of an anti-DNA binding antibody 3D8 scFv and its active site revealed by complex structures of a small molecule and metals | ||||||
要素 | catalytic antibody | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Park, S.K. / Kim, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of single-domain VL of an anti-DNA binding antibody 3D8 scFv and its active site revealed by complex structures of a small molecule and metals 著者: Park, S.Y. / Lee, W.R. / Lee, S.C. / Kwon, M.H. / Kim, Y.S. / Kim, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bd4.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bd4.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bd4_validation.pdf.gz | 450.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bd4_full_validation.pdf.gz | 455.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bd4_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bd4_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bd4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12460.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: 3d8 vl / プラスミド: pIg20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BTB / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30 PEG 3350, 0.1M bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 8425 / Num. obs: 8273 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.553 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 2GKI 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å /
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