PDB-3b9k: Crystal structure of CD8alpha-beta in complex with YTS 156.7 FAB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b9k

タイトル

Crystal structure of CD8alpha-beta in complex with YTS 156.7 FAB

要素

(T-cell surface glycoprotein CD8 ...) x 2
Fab Heavy chain
Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain / V-set / IgSF dimer / Glycoprotein / Immune response / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

rattus rattus (エジプトネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Shore, D. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of CD8 in Complex with YTS156.7.7 Fab and Interaction with Other CD8 Antibodies Define the Binding Mode of CD8 alphabeta to MHC Class I
著者: Shore, D.A. / Issafras, H. / Landais, E. / Teyton, L. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2007年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2016年6月22日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	6vmj-2 6vmj-1 3w2d-d 6vmk-5 6vmk-2 6vmk-13 7kmg-2 6vmk-12 2ltq-2 1oak-d 1fns-d 6vmk-10 6vmk-1 6vmk-15 6vmk-14 6brl-d 6vmk-16 5w0d-d 5b37-2 2zuq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
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#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
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#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab Light Chain

H: Fab Heavy chain

A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

C: Fab Light Chain

D: Fab Heavy chain

E: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

F: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

ヘテロ分子

151 kDa, 8 ポリマー
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1

L: Fab Light Chain

H: Fab Heavy chain

A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Fab Light Chain

D: Fab Heavy chain

E: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

F: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.779, 92.747, 190.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	D
1	2	L
2	2	D
1	3	H
2	3	B
1	4	H
2	4	B
1	5	C
2	5	A
1	6	F
2	6	E

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	ALA	ALA	L	A	5 - 100	5 - 99
2	2	1	GLN	GLN	TYR	TYR	D	F	5 - 100	5 - 103
1	1	2	ASP	ASP	THR	THR	L	A	110 - 200	109 - 199
2	2	2	THR	THR	PRO	PRO	D	F	110 - 200	114 - 191
1	1	3	GLN	GLN	THR	THR	H	B	5 - 110	5 - 114
2	2	3	PRO	PRO	VAL	VAL	B	D	5 - 117	5 - 117
1	1	4	SER	SER	VAL	VAL	H	B	120 - 210	124 - 199
1	1	5	THR	THR	GLU	GLU	C	E	5 - 105	5 - 104
2	2	5	PRO	PRO	ILE	ILE	A	C	5 - 105	5 - 105
2	1	6	ALA	ALA	LYS	LYS	E	G	4 - 121	4 - 121

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
T-cell surface glycoprotein CD8 ... , 2種, 4分子 AEBF

#3: タンパク質	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2 / CD8a antigen 分子量: 14783.935 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pRMHa3 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01731
#4: タンパク質	T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-3 / T-cell membrane glycoprotein Ly-3 / Lymphocyte antigen 3 / CD8b antigen 分子量: 14080.103 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8b, Cd8b1, Ly-3, Lyt-3, Lyt3 / プラスミド: pRMHa3 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P10300

#3: タンパク質

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2 / CD8a antigen

分子量: 14783.935 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pRMHa3
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01731

#4: タンパク質

T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-3 / T-cell membrane glycoprotein Ly-3 / Lymphocyte antigen 3 / CD8b antigen

分子量: 14080.103 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8b, Cd8b1, Ly-3, Lyt-3, Lyt3 / プラスミド: pRMHa3
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P10300

-
抗体 , 2種, 4分子 LCHD

#1: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23459.062 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rattus rattus (エジプトネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: YTS156.7
#2: 抗体	Fab Heavy chain 分子量: 22864.342 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rattus rattus (エジプトネズミ) / 細胞株: hybridoma / 株: YTS156.7

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 38分子

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#6: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, 0.1 M Na/K phosphate, 0.2 M NaCl, pH 6.2, sitting drop, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93.2 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 9.6 / 数: 147032 / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 1.04 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44334 / % possible obs: 97.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
5.81	50	91.7	1	0.062	0.967
4.62	5.81	94.1	1	0.102	1.072
4.03	4.62	94.9	1	0.121	1.078
3.66	4.03	96.7	1	0.16	1.028
3.4	3.66	99	1	0.196	1
3.2	3.4	99.8	1	0.201	0.978
3.04	3.2	99.9	1	0.251	1.061
2.91	3.04	99.8	1	0.324	1.056
2.8	2.91	99.9	1	0.427	1.083
2.7	2.8	99.8	1	0.579	1.078

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 45395 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 70.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.131 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 4468 / Χ²: 1.078 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→42.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 32.285 / SU ML: 0.327 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.22 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.284	2216	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.238	42077	97.57 %	-
all	-	42077	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10234	0	28	36	10298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	7042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.957	14262
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3.002	17238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.612	5	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.958	24.417	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.508	15	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.609	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	6879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.312	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.277	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.244	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.452	3	8295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.324	3	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.847	5	10730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.145	8	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.595	11	3532

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	1232	LOOSE POSITIONAL	0.34	5
2	L	1182	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
3	H	1400	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
4	H	1069	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
5	C	1381	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
6	F	1340	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
1	L	1232	LOOSE THERMAL	2.19	10
2	L	1182	LOOSE THERMAL	3.09	10
3	H	1400	LOOSE THERMAL	2.33	10
4	H	1069	LOOSE THERMAL	3.48	10
5	C	1381	LOOSE THERMAL	2	10
6	F	1340	LOOSE THERMAL	2.2	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	176	-
R_work	0.35	3110	-
all	-	3286	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.047	-0.158	-0.1148	2.3459	-1.3918	3.7626	-0.0641	0.1236	-0.2313	-0.0954	0.1119	0.1992	0.185	-0.0949	-0.0478	0.0436	-0.0537	0.0256	-0.2441	-0.0368	-0.1367	-11.457	-52.993	28.988
2	3.7105	-1.3326	-1.1487	2.8598	0.1486	4.2374	0.0189	0.0748	0.2389	0.0694	-0.0448	-0.0833	-0.3646	-0.0258	0.0259	0.1454	-0.0606	-0.0434	-0.179	0.0246	-0.1106	-10.893	-31.577	22.646
3	5.2663	1.0535	-1.5055	7.3194	-0.1706	3.5586	0.1363	-0.5768	-0.1706	1.8856	-0.2249	0.9634	-0.1394	0.128	0.0886	0.4023	-0.0933	0.327	-0.6488	0.0556	-0.142	-24.77	-31.203	57.438
4	3.6763	-3.4059	-1.4777	9.7319	1.6069	4.3508	0.0091	0.0265	-0.0652	0.5449	0.2888	2.2957	0.0067	-0.3773	-0.2979	0.0298	-0.113	0.3965	-0.7258	0.0654	0.524	-35.822	-41.374	53.551
5	2.9065	0.2779	-0.4172	2.9795	-1.82	4.5673	-0.0378	0.0716	-0.105	-0.0562	-0.0122	0.0896	0.2621	0.0149	0.05	0.04	-0.027	0.0343	-0.3486	-0.0589	-0.188	-11.574	-99.067	43.431
6	7.7354	-3.4514	-2.5049	10.0169	2.9611	1.4374	-0.4197	-0.1947	-0.1464	1.6106	0.6861	2.2848	-0.4335	-0.6874	-0.2664	0.4413	0.2939	0.5748	-0.2132	0.3422	0.3543	-36.817	-89.716	67.272
7	0.8145	-0.0568	-1.5649	4.0813	0.1708	4.4951	0.1635	0.0144	0.1612	0.2156	0.0381	0.0749	-0.3888	-0.0256	-0.2016	0.0866	-0.0102	0.0429	-0.2327	0.0277	-0.074	-11.183	-77.485	37.897
8	8.1254	-2.3329	0.2196	12.4945	-8.8831	17.5056	-0.6291	-1.1141	0.3608	3.3012	0.9273	-0.3995	-1.6252	0.1229	-0.2983	1.1369	0.4372	0.1779	-0.3599	-0.1631	-0.0221	-26.653	-78.678	72.163
9	8.9485	-1.7767	-1.8237	3.6503	1.0932	5.6359	0.166	0.9206	-0.6294	-0.0664	-0.1756	0.2895	0.1987	0.0377	0.0096	-0.2476	0.0221	0.0262	-0.053	-0.0634	-0.2797	15.777	-95.217	5.47
10	6.9845	-0.4207	-1.2056	4.3443	1.0365	4.8589	0.0437	0.6617	-0.7042	0.0213	-0.2563	0.2572	0.3271	-0.0237	0.2127	-0.2584	-0.006	0.0327	0.0135	-0.0908	-0.296	15.768	-50.32	-9.373
11	3.463	0.6504	0.6124	2.1955	0.4226	2.4565	-0.1372	0.5288	0.2586	-0.1433	0.0543	-0.0315	-0.1897	0.1635	0.0829	-0.0816	-0.0113	0.0832	0.0179	0.0225	-0.183	-2.792	-84.855	11.902
12	3.6786	0.16	0.555	2.039	0.455	4.2916	-0.0083	0.6705	0.2767	-0.2049	-0.0372	-0.0261	-0.2429	0.3204	0.0455	-0.0845	-0.0141	0.0558	0.0048	0.0381	-0.2449	-2.677	-39.873	-3.038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	121 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	110 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	110 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	121 - 210
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	4 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	4 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	4 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	R	1 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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