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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b6b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Acanthamoeba polyphaga mimivirus nucleoside diphosphate kinase complexed with dGDP | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NDK / PHOSPHOTRANSFERASE / NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide metabolism / Nucleotide-binding / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dissecting the unique nucleotide specificity of mimivirus nucleoside diphosphate kinase. 著者: Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 141.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2b8pC ![]() 2b8qC ![]() 3ddiC ![]() 3dkdC ![]() 3ee3C ![]() 3eicC ![]() 3ejmC ![]() 3elhC ![]() 3em1C ![]() 3emtC ![]() 3enaC ![]() 3etmC ![]() 3evmC ![]() 3evoC ![]() 3evwC ![]() 3fbbC ![]() 3fbcC ![]() 3fbeC ![]() 3fbfC ![]() 3fc9C ![]() 3fcvC ![]() 3fcwC ![]() 3g2xC ![]() 3gp9C ![]() 3gpaC ![]() 1b8qS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18174.498 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NDK / プラスミド: pDIGS02 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-DGI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40-45% MPD, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98025 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→76 Å / Num. obs: 72791 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10642 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1B8Q 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.611 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.532 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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