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万見
- PDB-3auj: Structure of diol dehydratase complexed with glycerol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3auj
タイトルStructure of diol dehydratase complexed with glycerol
要素(Diol dehydrase ...) x 3
キーワードLYASE / ALPHA/BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit ...Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / PHOSPHATE ION / Diol dehydrase alpha subunit / Diol dehydrase beta subunit / Diol dehydrase gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yamanishi, M. / Kinoshita, K. / Fukuoka, M. / Shibata, T. / Tobimatsu, T. / Toraya, T.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Redesign of coenzyme B(12) dependent diol dehydratase to be resistant to the mechanism-based inactivation by glycerol and act on longer chain 1,2-diols
著者: Yamanishi, M. / Kinoshita, K. / Fukuoka, M. / Saito, T. / Tanokuchi, A. / Ikeda, Y. / Obayashi, H. / Mori, K. / Shibata, N. / Tobimatsu, T. / Toraya, T.
履歴
登録2011年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diol dehydrase alpha subunit
B: Diol dehydrase beta subunit
G: Diol dehydrase gamma subunit
L: Diol dehydrase alpha subunit
E: Diol dehydrase beta subunit
M: Diol dehydrase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,99218
ポリマ－207,4976
非ポリマー3,49512
水24,6991371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26340 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area52310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.610, 196.800, 77.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-712-

HOH

21L-1195-

HOH

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要素

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Diol dehydrase ... , 3種, 6分子 ALBEGM

#1: タンパク質 Diol dehydrase alpha subunit


分子量: 60408.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddA / プラスミド: PUSI2E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59470, propanediol dehydratase
#2: タンパク質 Diol dehydrase beta subunit


分子量: 24141.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddB / プラスミド: PUSI2E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59471, propanediol dehydratase
#3: タンパク質 Diol dehydrase gamma subunit


分子量: 19198.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: pddC / プラスミド: PUSI2E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59472, propanediol dehydratase

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非ポリマー , 5種, 1383分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 14-18%(W/V) PEG 6000, 0.23-0.25M AMMONIUM SULFATE, 0.02M TRIS-HCL, 0.2%(W/V) LDAO, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 157499 / Num. obs: 157499 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.45
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
BSSデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EGM

1egm


解像度: 2.1→40.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 253513.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 13632 10 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.186 136393 --
obs0.186 136393 82.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6715 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å2-4.72 Å2
2---9.87 Å20 Å2
3---8.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13367 0 226 1371 14964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 566 10.5 %
Rwork0.261 4799 -
obs--65.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramcob.top.tmp
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramgol.top
X-RAY DIFFRACTION4cob.paran
X-RAY DIFFRACTION5gol.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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